«Что же мне, горькому сироте с единственными десятью рублями, оставалось делать? Двери бурсы для меня тоже затворены, я должен был оставаться на наемной квартире, иметь свой стол и прочее содержание. До сих пор, пользуясь всегда казенным содержанием, я не испытывал ни в чем особенной нужды, а теперь я должен был встретиться с нищетой лицом к лицу. Поиски уроков и священнических вакансий были безуспешны. Пришлось пристроиться ради куска хлеба на должность смотрителя семинарской больницы за два рубля в месяц с правом жить при больнице и пользоваться столом».
В 1841 году Иоанн Тихомиров был определен учителем в Муромское духовное училище. В Муроме он встретил свою будущую супругу. 18 января 1842 года он был рукоположен во диакона, а 25 января – во священника к Муромскому собору. Паству отца Иоанна составляли, по его собственным словам, три неполных двора: городничий с женой-старушкой, окружной начальник, женатый на лютеранке, и жена лесничего-немца. Проповедовать было некому, и он целиком посвятил все свое свободное время преподавательской работе в училище. «Когда, бывало, придешь в класс и заставишь учеников писать, они один за другим подходят ко мне с перьями и с детской наивностью говорят: “Дяденька, очини мне перышко!” И грех и смех! Но какое утешение видеть, как невинные дети природы постепенно развиваются и успевают в науках, видеть в их взглядах оживленность и бодрость», – писал будущий владыка в своих воспоминаниях. В свободное время отец Иоанн изучал творения святых отцов, особенно любил читать проповеди митрополита Филарета (Дроздова) и архиепископа Иннокентия (Борисова).
В июле 1844 года отца Иоанна постигло огромное горе: у него умер единственный сын, Михаил, а в апреле 1845 года – супруга. «Теперь я как трость, ветром колеблемая, лишившись самого лучшего на земле живого сокровища. Все мои земные надежды покрыты гробовою доскою», – писал молодой вдовец-священник одному из своих друзей. Внутренний голос влек отца Иоанна в духовную академию и на путь иноческой жизни. «Для чего же Бог вложил в меня такое непреодолимое влечение к занятию книжному? С тех пор как я начал сознавать себя, книги были исключительным предметом моих занятий, а теперь обратились в какую-то необъяснимую потребность».
В 1845 году отец Иоанн оставляет службу в соборе и поступает в Московскую духовную академию. «По собственному опыту, – писал он, – могу сказать, что для молодого вдовца-священника, разумеется сколько-нибудь расположенного и способного к занятиям науками, самое лучшее и безопасное убежище – академия. Сравнивая прежнюю мирскую жизнь с настоящей моей, очень много нахожу преимуществ на стороне последней. Здесь совершенно свободен от всех сует и неприятностей, какие необходимо встречаются в мире при многоразличных отношениях. В академии и отношения, и занятия простее».
Среди профессоров Московской духовной академии в то время преподавали такие известные ученые, как Ф.А. Голубинский, Е.В. Амфитеатров, А.В. Горский. Их лекции производили на молодого студента-священника огромное впечатление, располагая к усиленным научным трудам.
«Между студентами, особенно часто посещавшими академическую библиотеку, – писал бывший бакалавр академии, впоследствии архиепископ Ярославский Леонид (Краснопевков), – приметен был один молодой священник с светлыми волосами, чрезвычайной худобы в теле и с приятной смесью чего-то кроткого, серьезного и добродушного в лице. Его, переходящего с книгами от шкафа к шкафу, и его короткую рясу я врезал в памяти навсегда. Этот священник поступил из Владимирской епархии, где был иереем Муромского собора. Овдовев, он возвратился к науке, и недаром: его скоро поставили в числе первых десяти студентов. Мои лекции были, вероятно, хуже прочих, однако и их он посещал усердно и слушал внимательно. Это мне памятно потому, что одежда резко отличала его от прочих слушателей и он садился впереди».
1 октября 1848 года, в день Покрова Пресвятой Богородицы, молодой студент-священник Иоанн Тихомиров, согласно прошению, был пострижен в монашество с именем Савва, во имя преподобного Саввы Вишерского, чья память отмечалась также в этот день. Постриг совершил ректор академии архимандрит Алексий (Ржаницын), восприемником при пострижении был инспектор академии иеромонах Сергий (Ляпидевский). Митрополит Филарет (Дроздов) прислал новопостриженному иеромонаху параман и рясу.