После окончания училища в декабре 1939 года Самочкин был направлен на работу в Сталинградский аэроклуб. Работа инструктором оказалась исключительно тяжелой. Если во время учебы летчик летал в день не больше полутора-двух часов, то теперь иногда приходилось проводить в воздухе чуть ли не по 5–6 часов в день. После полетов Анатолий так уставал, что спал прямо в трамвае по пути с работы. Потом подъем в 3 часа утра, снова бесконечные полеты, и так почти каждый день, когда была летная погода.
Постепенно Анатолий привык к тяжелой работе, налетывал по 6–7 часов в день и не так уставал, как вначале. Однако, как это нередко бывало в длинной карьере летчика, эта жизнь «снова перестала его удовлетворять». Самочкину надоело постоянно жить в одиночестве в пустой комнате, да и работа инструктором в советских аэроклубах не отличалась разнообразием. Платили им тоже довольно скромно. Даже у экономного Анатолия, ничего не пропивавшего и не прогуливавшего, деньги всегда заканчивались за несколько дней до получки. Кормили в Волгограде тоже плохо. В итоге уже весной 1940 года Самочкин решил вернуться в родной Рыбинск.
Начальником местного аэроклуба был И.В. Скотнов, который помнил Анатолия еще курсантом. Тот с радостью предоставил ему тренировочную группу в составе 17 человек. Самочкин сразу обратил внимание, что сейчас, когда в Европе разгоралась война, контингент курсантов сильно отличался от того, что был в середине 30-х. Если тогда в авиацию шли, чтобы стать героями, в дань моде, то теперь это были молодые люди с серьезными соответственно времени лицами, некоторые уже успели закончить авиационный институт. Чтобы соответствовать своей должности, Самочкину пришлось ходить в библиотеку и самому тщательно готовиться к занятиям. Вначале группе выделили «убитый» У-2, на котором ранее уже летал не один десяток учеников, позднее он был заменен на новый «кукурузник». По воспоминаниям Анатолия, это была надежная и практически безотказная машина, чего нельзя было сказать о большей части советской авиационной техники.