Во внутреннем дворе крепости бой был в самом разгаре, в любую секунду готовый перейти в рукопашную схватку. Расстояние между египтянами и израильтянами составляло считаные метры. Оценив ситуацию, командир «Сайерет Маткаль» приказал двум группам спуститься во двор и помочь бойцам «Шайетет-13» подавить сопротивление египетского гарнизона. Поскольку на тесном участке действовало два подразделения, никогда прежде не участвовавших в совместных операциях, на поле боя царила полная неразбериха. В ночном бою было сложно отличить своих солдат от противника. Во время спуска во внутренний двор две группы «Сайерет Маткаль» попали под огонь «Шайетет-13», в результате чего смертельное ранение получил 19-летний рядовой Юваль Мерон.
Египетская береговая артиллерия вновь возобновила обстрел острова. БÓльшую часть десантных лодок отбросило в море, многие из них получили пробоины и наполовину погрузились в воду. Не было никакой возможности эвакуировать раненых и убитых. Никто не ожидал такого развития событий. Недооценка противника, как правило, чревата губительными последствиями. Складывалось впечатление, что израильтяне недостаточно объективно взвесили свои возможности и, ввязавшись в драку, теперь не знали, как из нее выйти, не понеся еще больших потерь.
Мотор десантной лодки командира «Шайетет-13» с самого начала «глотал воду», поэтому подполковник Зеэв Альмог высадился на острове с большим опозданием, когда бой уже практически подходил к своей завершающей фазе. Со своей группой он поднялся на крышу и установил полевой штаб на одной из «зачищенных» укрепленных точек противника. Капитан Дов Бар, командовавший высадкой первой волны, вкратце доложил обстановку. Более двух третей острова находилось под контролем «Сайерет Маткаль» и «Шайетет-13». Сопротивление египетского гарнизона было фактически сломлено, во всяком случае, противник уже не пытался перейти в контратаку, но и силы израильского десанта были почти полностью истощены. Практически не было ни одного бойца, не получившего ранения. Полевой госпиталь, расположившийся в одном из помещений в северной части крепости, уже не справлялся с потоком раненых, многие из которых пребывали в крайне тяжелом состоянии и требовали срочной эвакуации.
В 02:15 подполковник Зеэв Альмог связался по рации со штабом операции. Оценив ситуацию, начальник Генерального штаба генерал-лейтенант Хаим Бар-Лев отдал приказ к подготовке отхода и минированию крепости. В целом десант выполнил поставленную задачу, гарнизон крепости был раздавлен, египтяне деморализованы, и сейчас в первую очередь было необходимо спасти уцелевших спецназовцев.
Тем временем командир «Сайерет Маткаль» подполковник Менахем Дигли через мегафон призывал египетских солдат на арабском языке прекратить сопротивление. Не могло идти и речи, чтобы начать отход, оставляя у себя за спиной противника. В то время как морские коммандос и «Сайерет Маткаль» зачищали внутренний двор и помещения, все взрывные устройства были снесены в большой зал, расположенный в северной части крепости, недалеко от радарной башни. Первоначальный план подразумевал закладку взрывчатки в нескольких местах, однако развитие событий внесло свои коррективы. Бригадный генерал Рафаэль Эйтан решил ограничиться одним мощным взрывом, который следовало произвести уже после того, как лодки с десантом выйдут в залив. Во-первых, чтобы не погибли свои же бойцы, во-вторых, на некоторое время этот мощный взрыв мог бы послужить прикрытием, что позволило бы как можно дальше отойти от крепостных стен.
Пока северную часть крепости подготавливали к взрыву, в суматохе боя к зданию смогли пробиться несколько египетских солдат. Капитан Шауль Зив, в будущем командир «Шайетет-13», вместе с еще одним бойцом своей группы выбежал во двор и несколькими автоматными очередями отбил неожиданную атаку, которая могла бы обернуться настоящей катастрофой. К северной части были стянуты все раненые. Неожиданно во дворе прогремел мощнейший взрыв. По всей видимости, произошла детонация боеприпасов, находившихся на территории крепости. От неминуемой смерти израильских коммандос спасла бетонная стена, которая приняла на себя основную часть взрывной волны. Внушительный осколок бетонной стены, с торчащей железной арматурой, отлетев в сторону, серьезно повредил капитану Зиву ступню. Пересиливая нестерпимую боль, он остался в строю и наотрез отказался отойти с первыми лодками.