В 1985 году между давними приятелями и соратниками Абу Джихадом и Ясиром Арафатом произошла серьезная размолвка, грозившая разразиться глубоким внутренним кризисом. Причиной послужило заявление Арафата, сделанное им в Каире в ноябре 1985 года. Председатель ООП официально объявил об отказе его организации от проведения террористических актов против израильских объектов, находящихся за границей. Формально боевое крыло ФАТХ, руководимое Абу Джихадом, входило в ООП, и Абу Джихад должен был подчиниться Арафату. Однако авторитет Абу Джихада среди палестинцев позволил ему публично оспорить заявление Арафата и отойти от официальной линии ООП. Он утверждал, что заявление Арафата сделано под сильным давлением со стороны президента Египта Хосни Мубарака, на чью поддержку в 80-х годах так рассчитывало палестинское движение. С другой стороны, конфликт с Абу Джихадом был выгоден и Ясиру Арафату, позволяя тому демонстрировать показное миролюбие и обрести репутацию умеренного лидера, сдерживающего экстремистов в рядах ФАТХ и ООП. Так или иначе, но Абу Джихад не собирался снижать волну террора. С этой целью он установил контакты с одним из опаснейших террористов мира, основателем «Международного террористического Интернационала» палестинцем Сабри Халилем эль-Банна, известным как Абу Нидаль. Весь этот процесс протекал весьма непросто в рядах самой организации ФАТХ. Более умеренные элементы выступили за изменение стратегической линии борьбы и ограничение власти Абу Джихада. Однако тот полностью контролировал ситуацию. Пользуясь реальной поддержкой Арафата (вопреки слухам о разногласиях) и склокой внутри оппозиции, он полностью подавил оппонентов, быстро и жестоко расправившись со своими внутренними врагами, став непререкаемым лидером. В лице Абу Джихада Израиль приобрел мощного фанатичного врага, обладающего неограниченной властью и значительными материальными возможностями.
Для Абу Джихада существовала лишь Палестина и палестинское национально-освободительное движение, весь остальной мир, в том числе и арабский, интересовал его в той мере, в какой им можно было воспользоваться для борьбы с сионистским врагом. Абу Джихад никогда не был разборчив в методах и средствах достижения своих целей. Не простив арабскому миру его пренебрежительно-безразличное отношение к палестинцам, Абу Джихад использовал давление на своих единоверцев — сирийцев, египтян, иорданцев, иракцев — не только политическими, но и силовыми методами. Так, в 1975 году в отместку за подписание мирного договора между Израилем и Египтом Абу Джихад отправил в Испанию группу террористов для захвата египетского посольства. Этот террористический акт имел не столько практическое, сколько символическое значение. Проникнув на территорию посольства Египта в Мадриде и захватив заложников, террористы потребовали самолет и беспрепятственный вылет в Алжир. После того как их требования были выполнены и захваченный самолет приземлился в аэропорту Алжира, группа террористов отпустила заложников.
В отличие от лидеров экстремистских исламских организаций шейха Фатхи Шкаки («Палестинский Исламский Джихад») и шейха Ахмада Ясина (ХАМАС) Абу Джихад никогда не делал упор на ислам в решении палестинской проблемы. Более того, ООП всегда опасалась укрепления влияния исламских радикальных движений, видя в них сильных конкурентов. Его путь к цели был прост: «Разрешение палестинского вопроса может состояться только в результате уничтожения Государства Израиль». Эта цель, по мнению Абу Джихада, должна быть реализована лишь путем вооруженной борьбы и последовательного достижения необходимых результатов. Он определил их как программу-минимум и программу-максимум. Выполнение программы-минимум должно было завершиться созданием палестинского независимого государства в пределах границ 1967 года и территории сектора Газа. Выполнение программы-максимум предполагало объединение вооруженных сил арабского мира для окончательной победы над Израилем и создания единого палестинского государства с границами от реки Иордан до побережья Средиземного моря.