Последние годы Фатхи Шкаки укрывался вместе с женой и пятью детьми в Дамаске в районе лагеря беженцев аль-Ярмук, хотя в Сирии официально запрещена деятельность любой религиозной партии. Вполне обоснованно опасаясь покушения со стороны агентов израильских спецслужб, Шкаки нигде не появлялся один. Несмотря на то что в Дамаске он находился под защитой сирийских спецслужб, рядом с ним двадцать четыре часа в сутки находился отряд личных телохранителей. Офис и дом, в котором проживала семья шейха, были оборудованы современными электронными системами защиты. Однако, претендуя на лидерство в палестинском движении исламского сопротивления, шейх Фатхи Шкаки не мог ограничить свою деятельность лишь руководством террористическими актами на территории Израиля и Ливана, не выходя из своего офиса. Как ни странно, но именно на территории Израиля палестинское население пользовалось гораздо большими правами, чем в соседних арабских странах, где их положение зачастую сводилось к униженному существованию бесправной дешевой рабочей силы. Шкаки иногда приходилось покидать пределы Сирии, прикрываясь фальшивыми заграничными паспортами, чтобы, используя свой огромный авторитет в арабской среде, выступать в роли защитника интересов палестинских беженцев.
В четверг 27 октября 1995 года примерно в 11 часов утра к парадному входу отеля «Дипломат», расположенному в курортном городке Сльема недалеко от Мальтийской столицы Валлетта, подъехал голубой мотоцикл Yamaha XT. Работники гостиницы потом рассказывали, что двое парней восточной наружности оставили мотоцикл в стороне и, не привлекая к себе внимания окружающих, кого-то ожидали у входа в вестибюль.
Вскоре в гостиницу вошел мужчина средних лет, предъявил ливийский паспорт и зарегистрировался в гостинице под именем Ибрагима аль-Шаувиша. Человек, представившийся ливийским бизнесменом, был не кто иной, как внесенный в черный список израильского «Моссада» лидер палестинской террористической организации «Палестинский исламский джихад» шейх Фатхи Шкаки. Какое-то время он находился в своем гостиничном номере, затем, примерно в 13:00, вышел из отеля, чтобы сделать мелкие покупки. Заметив появившегося на пороге гостиницы шейха Фатхи Шкаки, один из парней вернулся к мотоциклу и завел мотор. Второй молодой человек среднего роста, одетый в черную футболку и синие джинсы, на глазах у десятков прохожих быстро приблизился к своей жертве, окликнув Шкаки по имени, молниеносно выхватил пистолет с глушителем и произвел пять выстрелов в голову. Три пули вошли в лоб, четвертая в шею, пятая в висок. Затем, вскочив на подъехавший к парадному входу мотоцикл, киллер скрылся вместе со своим сообщником в неизвестном направлении.
Всё произошло настолько быстро, что никто не успел ничего понять. Менее 20 секунд понадобилось нападавшим, чтобы «ливийский бизнесмен» упал на пороге отеля и забился в предсмертных судорогах. Шейх Фатхи Шкаки погиб на месте. Его не смогли спасти ни фальшивый ливийский паспорт, ни накладной парик, ни измененная до неузнаваемости внешность.
Мальтийская полиция объявила в розыск двух молодых людей восточно-средиземноморской внешности, 23–28 лет, роста 170–180 см. Был даже сделан фоторобот одного из подозреваемых, управлявшего мотоциклом, однако все попытки задержать киллеров оказались тщетными. В течение часа после покушения на шейха Фатхи Шкаки их уже не было на острове. Единственное, что смогла сделать полиция, это обнаружить спустя несколько часов брошенный под мостом в центре Сльемы мотоцикл с фальшивыми местными номерами «Q-6904» и два фальшивых паспорта, оставленные рядом с ним. Мальтийская полиция прокомментировала убийство как «высокопрофессиональное».
Шейх Фатхи Шкаки довольно часто останавливался в отеле под именем ливийского бизнесмена Ибрагима аль-Шаувиша. Насколько известно, он возвращался из Ливии, где у него была встреча с Муаммаром аль-Каддафи, которого он пытался убедить не депортировать палестинских беженцев с территории Ливии. Шейх сошел на берег Мальты с парома, следовавшего из Ливии, и планировал задержаться на острове не более суток, чтобы затем отправиться через Рим в Сирию. Он был вынужден совершать столь длинный и небезопасный путь, так как из-за наложенных на Ливию международных санкций авиасообщение с ней было невозможно.
Никто не взял на себя ответственность за ликвидацию Фатхи Шкаки, однако «Палестинский исламский джихад» открыто обвинил агентов «Моссада» в убийстве своего лидера. Израильские представители заявили, что им ничего не известно о происшедшем на Мальте, добавив, однако, что не сильно огорчены смертью шейха.