Стремление Г. К. Жукова ослабить влияние руководящих органов КПСС на Вооруженные Силы выразилось в изданном им приказе № 0090 «О состоянии воинской дисциплины в армии». В нем говорилось о пресечении всяких попыток критики командиров на партийных конференциях, привлечении виновных в этом к строгой ответственности, вплоть до увольнения из армии. Особые нарекания вызвало то, что, издавая приказ, затрагивающий деятельность партийных и политических органов, Жуков не счел нужным внести его на утверждение ЦК и даже не поставил его об этом в известность. С недоумением было воспринято отсутствие в приказе упоминания о необходимости воспитания воинов в духе преданности Коммунистической партии. Центральный Комитет признал приказ политически неправильным и противоречащим Уставу КПСС. Высказывалось несогласие с попытками Жукова дать оценку работе политорганов и коммунистов армии и флота. По мнению ЦК, в этом приказе по существу возлагалось руководство политорганами и партийными организациями на на командиров-единоначальников.[266]
Политика руководителя Министерства обороны выразилась в ликвидации во многих воинских частях политорганов. К примеру, в Уральском военном округе было упразднено 10 политорганов в различных родах войск, уволена в запас половина политсовета.[267]
По Сибирскому военному округу число политработников сократилось в три раза. В частях было отменено проведение политинформаций, упразднены часы политической работы в вечернее время, в три раза сокращено время на марксистско-ленинскую подготовку офицерского состава, полностью ликвидировался пропагандистский аппарат в танковых и артиллерийских полках, упразднились должности заместителя начальника по политической части в госпиталях, на базах и т. д..[268] Министерство обороны гораздо меньше внимания стало уделять служебному, материальному, правовому положению политических работников. Пренебрежение к ним проявлял, в первую очередь, сам Жуков, неоднократно повторяя, что они «сорок лет болтают и потеряли всякий нюх и вкус к делу».[269]Резкую критику вызвало стремление Жукова ограничить контакт между ЦК КПСС и командным составом Вооруженных Сил, запрещение руководству военных округов напрямую обращаться в Центральный Комитет, участвовать во встречах партийно-правительственных делегаций как в СССР, так и за рубежом. Так, после обсуждения итогов июньского (1957 г.) пленума ЦК КПСС «Об антипартийной группе Молотова, Маленкова, Кагановича» из всех военных округов отчет поступил только из Группы советских войск в Германии, за что командующий А. А. Гречко был подвергнут критике лично министром обороны.[270]
Все это стало предметом разговора на октябрьском (1957 г.) пленуме ЦК КПСС, который рассмотрел вопрос «Об улучшении партийно-политической работы в Советской Армии и Флоте». Пленум проводился в расширенном составе, в его работе приняли участие кроме членов и кандидатов в члены ЦК, членов Центральной ревизионной комиссии КПСС, командующие Военных округов, флотов, члены военных советов, а также ответственные работники Министерства обороны СССР. С докладом на пленуме выступил секретарь ЦК КПСС М. А. Суслов, в прениях приняло участие 27 человек. Осудив курс Минобороны на ослабление влияния КПСС на Вооруженные Силы СССР, участники пленума сделали вывод: Г. К. Жуков вел линию на отрыв Вооруженных Сил от партии, на ослабление партийных организаций и фактическую ликвидацию политорганов Советской Армии, на уход ее из-под контроля ЦК КПСС, на превращение Советских Вооруженных Сил в вотчину Г. К. Жукова.
На пленуме осуждение политики Г. К. Жукова происходило в контексте резкой критики и прямых нападок на министра обороны. Выступающие один за другим говорили о создании культа Г. К. Жукова, который насаждался при содействии подхалимов и угодников, приводя в подтверждение различные примеры. Говорилось, что на одной из страниц учебника-пособия для воинов Советской Армии, где рассказывалось о героизме воинов, членов партийных организаций Ленинграда в защите города и отмечалась роль К. Е. Ворошилова и А. А. Жданова, Жуков на полях написал: «Чепуха! Никакой роли Ворошилов в защите не играл, Жданов также. Оборону Ленинграда организовывал и обеспечил маршал Жуков». Говорилось о потере Жуковым элементарного чувства скромности; в доказательство приводилось свидетельство того, что Жуков поручил купить и в целях личной рекламы поставить в музей Советской Армии картину, представляющую такой вид: общий фон — горящий Берлин, Бранденбургские ворота. На этом фоне вздыбленный конь топчет знамена побежденных, а на коне величественно восседает Г. К. Жуков. Подчеркивалось сходство этой картины с известной иконой «Георгий Победоносец».[271]