Крупная буржуазия, помещики, церковники и реакционное офицерство, не располагая силами для открытого выступления против правительства, делали ставку на его наименее стойкого члена — Игнасио Комонфорта, придерживавшегося умеренных взглядов и выступавшего против реформистских устремлений Хуареса и других левых либералов. Реакция, в совершенстве владевшая искусством пленения колеблющихся, нестойких, тщеславных, падких на лесть и деньги элементов, стала обхаживать и превозносить до небес Комонфорта, толкая его на смещение Альвареса под предлогом, что именно он, Комонфорт, а не Альварес, неотесанный и безграмотный индеец, является подлинным лидером движения, свергнувшего Санта-Анну. Одновременно они направили свой огонь и против другого индейца — Хуареса. Церковная иерархия объявила его еретиком и пригрозила предать анафеме всех, кто подчинится закону, носившему его имя.
Маневры реакции имели успех. Комонфорт поддался влиянию врагов правительства и стал оказывать все большее сопротивление осуществлению прогрессивной программы левых либералов. Правительство было вынуждено уйти в отставку. Альварес отставки министров не принял. Однако вспыльчивый Окампо отказался вернуться в правительство, в котором остались Комонфорт, Прието и Хуарес. «Меня, — вспоминал впоследствии Хуарес, — заставила остаться на своем посту надежда, что, пребывая в правительстве, я буду иметь возможность осуществить одну из многих реформ, способствующих улучшению условий общества, оправдав таким образом жертвы, которые принес народ, свергнув угнетавшую его тиранию». Хуарес стремился, как он писал, к осуществлению реформ во всех областях общественной жизни, справедливо считая, что свержение Санта-Анны и приход к власти правительства Альвареса, не связанного какими-либо обязательствами с эксплуататорскими классами, создавали предпосылки для реализации «социальной революции».
Хуарес и его единомышленники мыслили эту «социальную революцию» как серию реформ, ограничивающих права духовенства, военной касты, латифундистов, предоставляющих демократические права мексиканскому народу, способствующих развитию просвещения и культуры. Такие реформы главным образом благоприятствовали буржуазии, ибо, порывая с феодальными пережитками, они открывали путь для капиталистического развития страны. Однако Хуарес вряд ли отдавал себе в этом отчет. Он считал, что действует в интересах всего мексиканского народа, в первую очередь его неимущих классов. В его выступлениях мы ни разу не встретим слово «буржуазия» или «капиталистический путь развития». Если бы он оперировал тогда такими терминами, то, возможно, имущие классы, в частности крупная буржуазия, не относилась
Надежды Хуареса на то, что, оставаясь в правительстве, он сможет продолжить свою реформаторскую деятельность, не оправдались. Враждебные правительству силы продолжали открыто выступать против него. Им удалось привлечь на свою сторону видных местных каудильо, боровшихся ранее против Санта-Анны, но вовсе не желавших лишаться своих привилегий в результате новых государственных преобразований. Среди левых либералов также нашлись предатели. Один из них, губернатор штата Гуанхуато Мануэль Добладо, выходец из народных низов, адвокат, выступавший против американских интервентов, теперь переметнулся на сторону реакции и в начале декабря поднял восстание в защиту «религии и фуэрос», требуя отставки Альвареса. Последний, чувствуя себя изолированным в столице, где бойцы его армии, родом из тропических областей, с трудом переносили высокогорный климат, утомленный интригами противников правительства, не проявил должной стойкости, подал в отставку и передал власть Комонфорту. Составив правительство из либералов правого крыла, Комонфорт объявил, что будет продолжать политику умеренных реформ.
Новый президент, не желая обострять отношения с левыми либералами, назначил Хуареса губернатором Оахаки. Хуарес принял назначение, надеясь превратить родной штат в опору прогрессивных сил страны. Революции в Мексике, как правило, начинались в штатах, а в Оахаке у власти все еще оставались агенты Санта-Анны, в их числе Максимо Ортис, некогда покушавшийся на дона Бенито. К тому же Хуарес вот уже три года как не виделся с семьей. Маргарита с детьми все еще находилась в Эгле, ведя очень скромную жизнь и стараясь никому не бросаться в глаза. Ведь все эти годы политические страсти были накалены и близкие Хуареса могли в любой момент оказаться жертвами распоясавшихся реакционеров.