Чтобы добыть средства на вооружение ополченцев, Хуарес заложил губернаторский дворец. Даже те, кто не разделял его либеральных взглядов, но выступал против оккупантов, признавали его огромный вклад в дело защиты родины в период войны с США. Один из них, консерватор Хосе Фернандо Рамирес, писал: «В условиях всеобщего уныния только штат Оахака держался стойко, последовательно и героически, представляя все фронту — войска и деньги».
Мексиканский народ хотел сражаться и сражался против янки, грабивших и терзавших его землю, как это некогда делали испанские завоеватели во главе с конкистадором Эрнаном Кортесом. В тылу американских войск действовали многочисленные партизанские отряды. В страхе сообщал в Вашингтон командующий оккупационными войсками в Новой Мексике полковник Прайс: «Кажется, что повстанцы поставили себе целью убивать каждого американца, находящегося в их стране, и каждого мексиканца, подчинившегося власти американского правительства».
Партизаны действовали не только в сельской местности, они устраивали смелые налеты на города. В октябре 1847 года они проникли в Пуэблу, где разгромили американский гарнизон и убили военного губернатора Томаса Чайлда. Такая же участь постигла и губернатора Новой Мексики полковника Чарлза Бента. Партизаны освободили от оккупантов Вилья-Эрмосу — столицу штата Тамаулипас, изгнали захватчиков из Калифорнии, заставили капитулировать американский гарнизон форта Саттера, перерезали дорогу между Веракрусом и Мехико, по которой снабжались войска американцев в столице, совершили тысячу других подвигов. Да и сама мексиканская армия сражалась упорно и отважно, и если бы не предательство Санта-Анны и имущих классов Мексики, американцам пришлось бы за свою победу заплатить во много раз дороже. Земля в буквальном смысле горела под ногами у интервентов.
Однако в Керетаро, где заседало мексиканское правительство, царили растерянность я уныние. Консерваторы больше опасались роста партизанского движения, возглавляемого крестьянскими вожаками, чем действий американских оккупантов. Умеренные либералы боялись, что продолжение войны может привести к полной утрате независимости, к захвату всей страны Соединенными Штатами. Поэтому, когда Вашингтон предложил прекратить войну в обмен на отторжение всех северных провинций Мексики — Техаса, Новой Мексики, Калифорнии и частично территории Тамаулипаса, Коауили и Соноры — вплоть до русла реки Рио-Гранде-дель-Норте, мексиканское правительство, недолго думая, приняло это предложение. 2 февраля 1848 года в селении Гуадалупе-Идальго, где хранилась икона покровительницы Мексики св. Гуадалупе, был подписан договор о прекращении войны. Американцы нарочно настояли на его подписании в указанном выше селении, чтобы связать с сим два почитаемых мексиканцами имени — св. Гуадалупе и Мигеля Идальго.
Согласно договору более половины мексиканской территории, размером в 2 300 ООО квадратных километров, переходило к Соединенным Штатам, которые обязались в виде компенсации выплатить мизерную сумму в 15 миллионов долларов да отказаться от своих прежних рекламаций к Мексике в размере 3 миллионов 250 тысяч долларов, в то время как стоимость захваченных земель по самым скромным подсчетам того времени превышала 380 миллионов долларов. Теперь на этих мексиканских землях расположены богатейшие американские штаты — Техас, Калифорния, Аризона, Юта, Нью-Мексико, Колорадо и часть Вайоминга.
Кроме огромных территориальных приобретений, США получили по договору «право» вторгаться в Мексику под предлогом преследования непокорных индейских племен. В последней статье договора североамериканский волк призывал свою жертву вести себя впредь миролюбиво, не питать к нему вражды, относиться к нему как к доброму соседу. Вряд ли существует в истории международных отношений более вероломный и лицемерный документ, чем навязанный Вашингтоном Мексике мирный договор, завершивший войну 1846–1848 годов.
Впрочем, сами американцы — участники войны признавали ее разбойничий характер. Один из них, будущий командующий армией северян и президент США генерал У. С. Грант, писал, что «эта война явилась одной из самых несправедливых войн, которую когда-либо вела сильная нация против слабой». Не менее сурово характеризовал ее и выдающийся деятель американского коммунистического движения Уильям З. Фостер: «Из всех бандитских войн, которые вели в прошлом капиталистические страны, самый циничный и самый разорительный характер носила война 1846–1848 годов между Соединенными Штатами и Мексикой. Соединенные Штаты отняли у Мексики богатейшие районы земледелия, скотоводства и садоводства, огромные залежи нефти, меди и другие неисчислимые природные богатства. Все это подорвало экономическое развитие Мексики в прошлом веке и продолжает подрывать его в настоящее время».