В декабре 1855 года Хуарес в сопровождении небольшого отряда вооруженных сторонников перешел границу штата Оахаки. Весть об этом вызвала всеобщее ликование среди местного населения. В мгновение ока санта-аннисты были сметены со своих постов, бежали, попрятались или были убиты, как, например, тот же Максимо Ортис. Из Эгли, где он встретился с женой и детьми, Хуарес направился в город Оахаку, куда прибыл 10 января 1856 года, в тот же день приступив к выполнению обязанностей губернатора.
Задача стояла перед ним не из легких, но теперь он ясно себе представлял, какие вопросы предстоит решить в первую очередь. В штате Оахака, как, впрочем, и других провинциях Мексики, постоянно дислоцировались армейские части местного военного округа, командующий которыми подчинялся не губернатору, а непосредственно президенту республики. По приказу из столицы командующий этими войсками мог в любой момент направить их против местных властей, снять губернатора, разогнать провинциальную палату представителей. Эти армейские части состояли из солдат-наемников, недисциплинированных, всегда охочих к грабежу, к мародерству и, как правило, послушно выполнявших волю своих командиров. «Губернаторы, хотя и считались главами свободных, суверенных и независимых штатов, — отмечал Хуарес, — в действительности таковыми являлись только в теории. На практике они были пленниками местных командующих. Эта пагубная система государственного устройства, установленная в республике конституцией 1824 года, была одной из причин военных мятежей, которые столь часто вспыхивали после завоевания независимости».
Чтобы нейтрализовать эту враждебную силу, Хуарес приступил к организации Национальной гвардии, бойцы которой рекрутировались среди бедняцких слоев населения, ремесленников, крестьян — сторонников левых либералов. Оружием и амуницией их снабжал местный арсенал. В Институте наук и искусств Хуарес открыл специальные офицерские курсы для командного состава Национальной гвардии. На них учились студенты права и адвокаты, сторонники левых либералов, многие из которых впоследствии дослужились до генеральского чина. Запомним фамилию — Порфирио Диас. Метис, родом из микстекского племени, сын мелкого торговца, осиротевший в 12-летнем возрасте, Порфирио, как и Хуарес, вначале учился в духовной семинарии, а затем закончил юридический факультет Института наук и искусств. Участник войны против американских интервентов и сражений против Санта-Анны, в которых он заслужил чин лейтенанта, Диас по совету Хуареса закончил офицерские курсы, был произведен в капитаны и стал одним из командиров Национальной гвардии. Решительный, храбрый, хитрый, Диас, как и его брат Феликс, также вступивший в Национальную гвардию, стал одним из надежных сотрудников дона Бенито, которому тог полностью доверял.
Укрепив Национальную гвардию, Хуарес потребовал от Комонфорта ликвидировать военный округ в Оахаке и распустить или отозвать за пределы штата входившие в него военные части. Комонфорт не решился на столь радикальный шаг. Вместо этого он снял командующего округом, назначив Хуареса на его место. Теперь вся власть в штате была сосредоточена в руках Хуареса. Оахака становилась, таким образом, мощным оплотом левых либералов. Хуарес основал здесь газету «Бич тиранов». Ее читали либералы всей страны.
«Чистые», используя демократические свободы, восстановленные после свержения диктатуры Санта-Анны, укрепляли свои позиции и в других штатах. Реакция между тем не складывала оружия. Она толкала Комонфорта на разрыв с левыми, надеясь превратить его во второго Санта-Анну. Комонфорт проявлял нерешительность. Он и рад был бы повернуть вправо, но опасался, что это приведет его к такому же печальному концу, как и Санта-Анну. К тому же он, как и все предыдущие Президенты Мексики, остро нуждался в деньгах, а единственным источником, который мог ему предоставить средства, являлась все та же церковь — оплот реакции.
Считая Комонфорта неспособным на решительные действия, реакционеры, лидируемые церковниками и офицерами санта-аннистами, энергично готовились к его свержению. Они создали ряд тайных организаций (Центральная консервативная директория в Мехико, Священный союз в Пуэбле), монастыри превратили в склады оружия. В начале 1856 года они подняли в Пуэбле мятеж, подавленный Комонфортом. Хуарес настаивал на строгом наказании мятежников. «Не забывайте, — говорил он тем, кто просил снисхождения к ним, — что, когда вы милуете одного из этих людей, для которых политика — это не что иное, как анархия и военный мятеж, вы тем самым осуждаете на смерть многие сотни ни в чем не повинных людей».