Великорусские сказки. Вып. 2. М., 1861.
Великорусские загадки. М., 1861.
По поводу двух выпусков песен П. В. Киреевского. «Московские ведомости», 1861, № 44.
Великорусские сказки. Вып. 3. Спб., 1862.
Рецензия на «Песни, собранные П. И. Рыбниковым, ч. II», М., 1862. «Время», 1862, № 12.
Русская книжка. I. Сказки, пословицы, загадки, песни. Русские города. Былины. II. Стихотворения, рассказы, басни. Народный месяцеслов. Спб., 1863.
Материалы для изучения народной словесности. Спб., 1863.
Женщина допетровской Руси. «Модный магазин», 1863, № 20–22.
Основной элемент народных сказок. «Библиотека для чтения», 1863, № 12.
Великорусские загадки. «Этнографический сборник», 1864, вып. VI, № 6.
Народные исторические сказки. «Журнал Министерства народного просвещения», 1864, № 3.
Рассказы о старинных людях. Вып. 1. Древние индийцы и египтяне. Спб., 1864.
Рассказы о старинных людях. Вып. 2. Древние финикияне, ассирияне и персы. Спб., 1865.
Рассказы о старинных людях. Вып. 3. Древние греки. Спб., 1865.
Рассказы о старинных людях. Вып. 4. Древние римляне. Спб., 1865.
Самоучитель для начинающих обучаться грамоте. Спб., 1865.
Для истинных христиан, сочинение Игнатия. Женева, 1865.
Рассказы о великих людях средних и новых времен. Спб., 1866.
Второе издание: Спб., 1871.
Древняя Русь. Спб., 1867.
Жизнь природы и человека. Женева, 1867. (Переименованный «Самоучитель для начинающих обучаться грамоте».)
Материалы для истории цензуры при Александре II (извлечение из бумаг И. А. Худякова). «Общее дело». Женева, 1877, № 1.
Опыт автобиографии. Женева, 1882.
Верхоянский сборник. Якутские сказки, песни, загадки и пословицы, а также русские сказки и песни, записанные в Верхоян-оком округе И. А. Худяковым. «Записки Восточно-Сибирского отдела Русского географического общества по этнографии», т. I, вып. 3, Иркутск, 1890.
Отец Макарий в трезвом и пьяном виде. Женева, 1901 (Переименованные «Материалы для истории цензуры при Александре II».)
Из воспоминаний шестидесятника. «Исторический вестник», 1906, кн. X–XII.
Образцы народной литературы якутов. Ч. I. Тексты, образцы народной литературы якутов, изд. под ред. Э. К. Пекарского; т. II, вып. I, Спб., 1913; вып. II, Пг., 1918.
Записки каракозовца. М.—Л., 1930.
Великорусские сказки в записях И. А. Худякова. М.—Л., «Наука», 1964.
А — в (Адрианов А. В.), Славный сибиряк И. А. Худяков. Спб., 1911.
Базанов В., Новые люди или нигилисты? (К истории русского демократического народоведения.) «Русская литература», 1959, № 2.
Базанов В., И. А. Худяков и покушение Каракозова. «Русская литература», 1962, № 4.
Базанов В., Накануне «хождения в народ». «Великорусские сказки в записях И. А. Худякова». М,—Л., 1964, вводная статья.
Баренбаум И. Е., Из истории легальной пропаганды 60-х годов (Книгоиздательская деятельность П. А. Гайдебурова и пропагандистская брошюра И. А. Худякова). «Русская литература», 1967, № 3.
Баренбаум И. Е., Из истории русских прогрессивных издательств 60-х — 70-х годов XIX века. (Женская издательская артель М. В. Трубниковой и Н. В. Стасовой.) «Книга. Исследования и материалы». Сборник XI, изд. «Книга». М., 1965.
Белозерский (А. В. Адрианов), Иван Александрович Худяков. (Из воспоминаний шестидесятника. Автобиография. «Исторический вестник» — октябрь, ноябрь и декабрь.) «Сибирская мысль», 1907, № 130 (от 4 апреля), № 131 (от 5 апреля), № 133 (от 7 апреля); «Сибирская жизнь» № 3 (от 12 апреля).
Белы и Я., Три года в Верхоянске. «Каторга и ссылка», 1925, кн. 1(14).
Бобров Е., Две книжки для народа в шестидесятые годы. «Варшавские университетские известия», 1911, № 1.
Бобров Е. А., Из биографии И. А. Худякова. «Известия Отделения русского языка и словесности императорской Академии наук», 1910, т. XV, кн. I.
Бобров Е. А., Труды И. А. Худякова в области русской словесности и фольклора. «Русский филологический вестник», 1908, вып. IV.
Бобров Е. А., Научно-литературная деятельность Ивана Александровича Худякова. «Журнал Министерства народного просвещения», 1908, № 8.
Виленская Э. С., Революционное подполье в России (60-е годы XIX в.). М., «Наука», 1965.
Витязев Ф. (публикатор), Из неизданной переписки П. Л. Лаврова и Г. З. Елисеева. «Литературное наследство», т. 19–21. М»1935.
Дубровский К., Забытый этнограф-фольклорист. Памяти славного сибиряка И. А. Худякова. «Сибирские записки», 1916, № 2.
Евгеньев В., Дело Каракозова и редакция «Современника». «Заветы», 1914, № 6.
Записки сенатора Еоиповича. «Русская старина», 1909, март.
Клевенский М., «Европейский революционный комитет» в деле Каракозова. Сб. «Революционное движение 1860 годов». М., 1932.
Клевенский М. М., Ишутинский кружок и покушение Каракозова. М., 1928.
Клевенский М. (публикатор), Ишутинцы в тюрьме и ссылке. «Красный архив», 1929, т. 2 (33).
Клевенский М. М. Материалы об И. А. Худякове. «Каторга и ссылка», 1928, кн. 8–9 (45–46).
Клевенский М. М., И. А. Худяков. Революционер и ученый. (Биографический очерк.) М., 1929.
Клевенский М. (публикатор), Покушение Каракозова4апреля 1866 г. С предисловием А. А. Шилова. «Красный архив», 1926, т. 4(17).