В это время также появляются «Леда и Лебедь» и «святой Иоанн Креститель». «Леда» единственный женский акт, не представлявший угрозы и вышедший из-под кисти Леонардо. Вероятно, его пленила история, взятая из греческой мифологии, о том, что бог Зевс, превратившись в лебедя, овладел Ледой, матерью Диоскуров. Об этом Леонардо прочитал в «Метаморфозах» Овидия. К сожалению, эта картина утрачена, и представление о ней мы можем составить только по многочисленным копиям, а также по рисунку Рафаэля. Впрочем, Ломаццо якобы видел это произведение: «Обнаженная Леда, заключенная в объятия лебедя, стыдливо опускает взгляд». Некоторые критики также хотели увидеть в этом произведении нечто вроде душевного возбуждения, и Серж Брамли пишет об: «Картина рассказывает о таинственности процесса рождения, о генетическом заблуждении, о сильно выраженных внутренних потребностях тела и земной бездне». Но более тщательно рассмотрим трактовку картины Куртом Айсслером, который признал в ней как «чарующую эротическую силу притяжения», так и «трагический аспект сексуального вожделения». Изображение близнецов Кастора и Поллукса Айсслер связывает с аллегорией «добродетель и зависть» и устанавливает: «Кастор и Поллукс являются символическим знаком, сублимирующим гомосексуальную дружбу, определенным типом отношений, который зафиксирован в Леонардо».
В изображаемой Леонардо теме «Леды и лебедя» не случайно отсутствует та похотливость, которую можно было бы выразить, всякий раз меняя содержание (подумайте о подобной картине во времена третьего рейха). Элементарная чувственность, наслаждение, которые могли бы даже неосознанно выразиться, по своей сути глубоко отталкивали художника. «Причиной несчастий являются разнообразные наслаждения… Если ты должен предаваться удовольствиям, то знай, что они содержат в себе то, что приведет тебя к мучениям и раскаянию», — записал он в своей рабочей тетради. Такая укоренившаяся и четко выраженная травматическая позиция, которую могли бы здесь заметить не только Фрейд, но и все психоаналитики, определялась гетеросексуальностью, вытекающей из детского опыта Леонардо, и из промискуитета отца, сыгравшего огромную роль в его жизни и определившего, таким образом, его отношение к матери. Сам по себе гетеросексуальный коитус является средством для удовлетворения определенных потребностей, как следует из его записей, сделанных в 1506 году во время его тяжбы по поводу наследства: «Кто с усилием и неохотой осуществляет коитус, тот порождает вспыльчивых и задиристых детей (его сводные братья?). Но кто занимается этим с великой любовью и сильным желанием, тот получает ребенка с сильным интеллектом, живого, остроумного и преисполненного любви».
Одновременно с работой над Ледой Леонардо интенсивно занимался различными анатомическими исследованиями, ибо хотел оформить свое учение об анатомии. «Я надеюсь, — писал он, — зимой 1510 года окончить свою „Анатомию“». Нет сомнения в том, что рвение в изучении анатомии, продолжавшемся уже больше 20 лет, особенно возросло, когда зимой 1509–1510 годов состоялось его знакомство с Маркантонио делла Торре, доктором медицины, преподававшим в университете города Пизы и посвящавшим себя с особым усердием «изучению трупов». И хотя Леонардо пренебрегал врачами и всячески остерегался их, Маркантонио составил исключение — видимо, потому, что занимался препарированием трупов. Если Леонардо ограничил себя изучением строения человеческого тела и его физиологии, равно как и функций его отдельных частей, то только потому, что впервые встретил необыкновенно одаренного, блистательного тридцатилетнего врача Маркантонио, который проводил исследования на животных, сравнивал полученные результаты, а также изучал тело в процессе его развития от зародыша до взрослого состояния. По личным свидетельствам, прямо-таки с лихорадочным воодушевлением, он расчленил около 30 мертвых тел, которые при свете свечей в ночной секции отпугивали своим ужасным видом: «…разорванный на куски или вскрытый труп». При этом существовала очень большая опасность заражения. Насколько она была велика, свидетельствует тот факт, что уже в 1511 году скончался его учитель Маркантонио делла Торре, заразившийся чумой при обследовании больных.
Чтобы наиболее полно проиллюстрировать то, как Леонардо развивал свою технику рисования, изображая каждую часть человеческого тела, его органы, кости и мускулы, необходимо передать или воспроизвести под различным углом зрения то, как он об этом говорил: «Вид такого рисунка должен быть приравнен к личному присутствию „нотомии“ (как Леонардо называл анатомию)». Так появились более двухсот листков с анатомическим изображением человеческого тела, выполненным с невероятной точностью и научной аккуратностью, которые вплоть до окончания XVIII столетия никем не были востребованы.