Согласно Зигмунду Фрейду, случайное незаконное рождение и нежные чувства матери, для которой он стал единственной радостью, выразившиеся «в поцелуях на этапе его раннего сексуального развития», стали фактором, оказавшим влияние на формирование его характера и дальнейшую судьбу в целом. Однако это толкование Фрейда существенно принизило значение других событий, которые должны были бы психически травмировать Леонардо в детстве, и поставило во главу угла одиночество как результат разлуки с горячо любимой матерью. В рабочих тетрадях Леонардо находим большое количество «пророчеств», связанных с очень волновавшими его тогда загадками, и их можно признать (как, например, записи, сделанные при изучении растительного и животного мира) травматическим опытом, полученным в детстве ребенком, вследствие незаконного рождения и разлуки с родителями. О подобных ситуациях говорят примерно так: «Многие дети, если они отлучены от своей матери, становятся безжалостными и жестокими» или: «Нежная, горячо любящая всем своим сердцем мать становится частью своего ребенка, свирепая и неумолимая мачеха — всем остальным; я вижу, что твои дети попали в рабство… Оно будет угнетать их в течение всей их жизни». Дальше Серж Брамли цитирует примеры на эти же темы и, таким образом, приходит к выводам о значении переживаний, полученных в ранние детские годы. Возможно, что то же самое хотел сделать и Леонардо, разделявший боль своей матери, которую ей причинил его отец, вступив в брак с другой женщиной в то время, когда она находилась на последних месяцах беременности. Позже, изучая эмбриональное развитие человека, он написал о «единой душе, наделяющей жизнью мать и эмбрион» и решил для себя, что страдания матери передаются новому созданию так же, как и всем частям женского тела. Из этого следует, что «чувства матери оставляют след не только в ее душе, но и в теле ребенка, связанного с ней». Таким образом, он изучал серьезнейший вопрос, подхваченный в конце XIX столетия в большинстве научных работ: передаются ли страдания матери плоду.
Разумеется, психофизическое развитие Леонардо было обусловлено не только со стороны матери; огромное значение играл в его жизни отец не только своим отсутствием в первые годы жизни, но и присутствием в детские годы жизни мальчика. В этой связи Зигмунд Фрейд указывал: «Какой ребенок, жаждущий своей матери, и этого никоим образом нельзя избежать, не желал бы поставить себя на место своего отца, тем самым идентифицировать свои фантазии, связанные с ним, и сделать целью своей жизни позже ликвидировать их». Это чувство соперничества, проявляемое в связи с его отцом, должно было бы возникнуть в то мгновение, когда он был передан в руки молодой мачехи, находившейся в доме его отца и в действительности исполнявшей обязанности его матери.
Из небольшого количества документов, дошедших до нас, можно сделать вывод, что молодая мачеха проявляла к ребенку самые нежные чувства, отчего она в его жизни могла бы занять положение его собственной матери, с которой он был разлучен в первые годы жизни. С наступлением половой зрелости, когда обычно определяется сексуальная ориентация, идентификация первоначальных стремлений к своему отцу уже не играет для дальнейшего сексуального развития никакой роли. Очевидно, что в одном из его пристрастий — носить великолепную одежду и окружать себя роскошью — проявилась настоятельная потребность подражать отцу и, возможно, даже перещеголять его. Даже если он окружил себя, как сообщает Вазари, прислугой и лошадьми, хотя «почти ничего не имел и они мало работали», то это свидетельствовало о том, что он несмотря на то, что был беден и имел крестьянское происхождение со стороны своей матери, так же, как и его отец, принадлежал к состоятельному сословию и держал себя как знатный и элегантный господин. Впрочем, его целью было не скопировать, а перещеголять во всем своего отца.