В годы Русско-японской войны Владимир Клавдиевич продолжал свою разведывательную деятельность в действующей армии и закончил кампанию офицером 23-го Восточно-Сибирского стрелкового полка. Грудь офицера украсил орден Святой Анны III степени. Сразу после войны Арсеньев получает назначение в Хабаровск, где располагался штаб войск Приамурского военного округа. Новым местом службы командира «охотников» стала генерал-квартирмейстерская часть штаба, отвечавшая за оперативную и разведывательную работу, а также обеспечивавшая войска российского Дальнего Востока топографическими картами.
Только что отгремевшая война поставила перед штабом серьезные задачи. Уссурийский край оказался в положении огромного клина, зажатого между владениями Цинской империи и оккупированным Японией Южным Сахалином. Проиграв кампанию японцам, некогда награжденным презрительным прозвищем «макак», русское командование стало более трезво оценивать военный потенциал соседей. Опасаясь возможного повторения конфликта, в штабе Приамурского округа задавались вопросом: где нанесет удар потенциальный противник? Владивосток, после войны ставший единственной базой русского флота на Тихом океане, был неплохо защищен от атак со стороны Японского моря. Но что, если враг высадится на восточном побережье Приморья и, преодолев хребет Сихотэ-Алиня, перережет железную дорогу и подойдет к городу с севера? Такой вариант грозил повторением порт-артурской эпопеи. Требовалось заранее просчитать все возможные сценарии будущей войны, однако на пути штабных аналитиков стояло застарелое препятствие — плохое знание географии собственной территории. Стереть «белые пятна» с карты Приморья предстояло Арсеньеву. Попутно путешественник должен был обстоятельно изучить природные условия внутренних районов края, оценить их колонизационные возможности, познакомиться с местным «инородческим» населением и проверить его лояльность по отношению к имперским властям. Разумеется, выявление очагов бандитизма также входило в обязанности экспедиции. Начинался новый, богатый на приключения период жизни Владимира Клавдиевича.
22 апреля 1906 г. командующий войсками Приамурского военного округа П.Ф. Унтербергер издал приказ о назначении штабс-капитана Арсеньева начальником партии по исследованию хребта Сихотэ-Алинь и береговой полосы от залива Святой Ольги до залива Терней. Кроме того, экспедиция должна была перевалить горный хребет и исследовать малоизвестную таежную область, где лежали истоки рек Уссури, Иман и Лифудзин. Арсеньева сопровождали 20 человек: 3 офицера, 4 казака и 12 стрелков охотничьей команды. Единственным гражданским участником экспедиции был известный краевед, товарищ Арсеньева по Обществу изучения Амурского края, лесничий H.A. Пальчевский. Основные расходы по снаряжению экспедиции взял на себя Приамурский отдел Русского географического общества и лишь незначительную часть — генерал-губернатор Унтербергер.
Этот факт не стоит воспринимать как признак пренебрежения важностью предприятия. Павел Федорович Унтербергер был уважаемым ветераном, прослужившим в Сибири и на Дальнем Востоке более тридцати лет. Разносторонне образованный человек, много путешествовавший и владевший иностранными языками, Унтербергер в течение девяти лет возглавлял администрацию Приморской области, основал Владивостокскую крепость и Уссурийское казачье войско, строил железную дорогу и много способствовал развитию тихоокеанских окраин России. Став в 1897 г. нижегородским губернатором, Унтербергер уже в 1905 г. вновь встал у кормила дальневосточной власти — его знание края и административный опыт оказались незаменимы в трудную для страны пору. Унтербергер уделял экспедиции Арсеньева пристальное внимание. Генерал-лейтенанту было ясно, что неудачная война, имевшая гибельные для внутреннего положения страны последствия, не могла не оказать влияния на умы китайского населения русского Дальнего Востока. Было важно оценить это влияние: хотя именно война вызвала первый за многие годы отток китайцев из русских пределов на родину, оставшиеся «манзы» были по-прежнему многочисленны [16]
. Унтербергер интересовался китайцами отнюдь не как дилетант. В свое время генерал занимался на восточном факультете Петербургского университета, где получил серьезную синологическую подготовку у самого В.П. Васильева — основоположника отечественной школы научного китаеведения. В 1879 г. Унтербергер совершил поездку по Китаю и в дальнейшем никогда не переставал интересоваться Поднебесной и ее народом. Надо полагать, что демонстративное участие Географического общества в подготовке партии Арсеньева было необходимо для создания легенды «чисто научной экспедиции» и маскировки ее главных, военно-разведывательных целей. Последние сомнения в характере работы отряда развеивает личное участие в походе начальника штаба Приамурского округа генерал-лейтенанта П.К. Рутковского, сопровождавшего Арсеньева на 400-верстном пути до залива Святой Ольги.