Николай Ульянов в статье «Комплекс Филофея» утверждает следующее:
Кстати, нельзя даже сказать, что Филофей был автором идеи Третьего Рима. Он всего лишь интерпретировал известную тогда доктрину Второго Рима, сформулированную патриархом Фотием: «И как владычество Израиля длилось до пришествия Христа, так и от нас, греков, мы веруем, не отнимется царство до второго пришествия Господа нашего Иисуса Христа». Но не выгорело грекам с царством. В правление Ивана III наблюдается наплыв «ученых мужей» с Балкан в Москву (скорее всего, из-за турецкой экспансии), куда они принесли свои политические идеи. Потому для русского культурного слоя того времени знакомство с концепцией Второго Рима является само собой разумеющимся, но говорить о перенесении ее на московскую почву оснований нет. То, что в восхвалениях деяний московских государей мы встречаем сравнение их с ромейскими императорами, а Москва величается новым Царьградом, не следует воспринимать буквально – это лишь стилистический прием, широко применяемый в пышных официозных панегириках.
Десять филофеевских строчек не оказали, да и не могли оказать при неразвитости книжной культуры ни малейшего влияния на национальное самосознание в его время. Не были они восприняты и государственной элитой в качестве, как сейчас бы сказали, национальной идеи. По смерти Филофея он был вскорости забыт, и лишь изредка его имя упоминалось в сочинениях некоторых раскольнических писателей (Аввакум, Авраамий) по вопросу о крестном знамении или критики католицизма и волховства. Насколько прочно Филофей был забыт в России, иллюстрирует тот факт, что он даже не упомянут в изданном в 1827 г. «Словаре историческом о бывших в России писателях духовного чина», составленном знаменитым исследователем древности, митрополитом киевским Евфимием Болховитиновым. Впервые имя Филофея упоминается в печати в 1846 г. В связи с публикацией в I томе «Дополнений к Актам Историческим» его послания к дьяку Мунехину. Остальные его послания то в выдержках, то полностью стали появляться в конце 50-х и в 60-х годах того же столетия в «Православном Собеседнике».