Ким Филби считает, что его предки вышли из Дании, и первоначально их фамилия начиналась с буквы «Ф». «Кто впервые заменил «Ф» на «Пх» — никто не знает», — заявил он. Есть местечко Филби Брод в Восточном Норфолке, существует общество «Филби Сосайэти». В Эссексе фамилия Филби (начальная буква «РЬ») прослеживается вплоть до восемнадцатого столетия. И таким образом, Ким Филби является продолжателем старинного рода. В 1883 году дед Кима Филби Монги, лихой, но довольно безалаберный владелец кофейной плантации на Цейлоне (Шри Ланка) женился на Квини Дункан. Квини, или Мэй, как ее все называли, происходила из известной семьи военных: не менее 141 ее родственника принимали участие в первой мировой войне. Военная традиция в семье продолжалась и дальше: один из ее представителей стал фельдмаршалом Монтгомери и, таким образом, Филби является отдаленным родственником известного британского полководца.
У Мэй и Монти Филби было четыре сына: Ральф, Гарри, Гарольд и Деннис. В соответствии с английской семейной традицией, которая прослеживается во многих поколениях, мальчики сразу же получили прозвища Том, Джек, Тим и Пэдди, что явилось впоследствии причиной многих курьезных ситуаций. Джек (а в действительности Гарри Сент-Джон Бриджер Филби) является отцом Кима (а в действительности Гарольда Адриана Рассела Филби).
Мать Кима Дора Джонстон, красивая рыжеволосая женщина, являлась дочерью старшего инженера железнодорожной службы индийской провинции Пенджаб. Высказывается возможность наличия у нее индийской крови. В одной из публикаций говорится: «Хотя родители Доры имели смешанное европейско-азиатское происхождение,
они были приняты в британскую общину». В другом документе упоминается о переживаниях Доры после получения писем от индийских родственников, в которых говорилось о неопределенном социальном статусе ее будущей невестки. Дора передала эти письма своему сыну, и Ким подробно написал о глубоких шотландских корнях своей матери по линии ее отца. Однако о матери Доры Филби лишь сказал, что ее девичья фамилия была О’Коннор, что она воспитывалась в Индии и что от нее у Филби есть толика ирландской крови. Вполне возможно, что мать Доры имела в какой-то степени индийское происхождение, но точных данных нет.
По поводу своего темного цвета лица Сент-Джон обычно рассказывал маловероятную историю о поездке семьи на Цейлон, когда он был еще маленьким ребенком. Во время остановки на ночь в правительственном загородном доме слуги нечаянно оставили его одного. По возвращении они увидели цыганку, нянчившую двоих детей: своего собственного и Сент-Джона. Дети были очень похожи друг на друга, и, поскольку цыганка некоторые вещи Сент-Джона надела на своего сына, точно определить, кто есть кто, было невозможно. «Слуги сделали все, что могли, — обычно говорил с ухмылкой Сент-Джон, — но принесли ли они его родителям их ребенка?»