Так начинаются странствия героя. Морфеус, лидер повстанцев, посвятил себя войне против Матрицы ради того, чтобы открыть Истину и освободить человечество от рабства машин. Морфеус верит в пророчество, согласно которому единственная надежда на победу — это найти Избранного, человека, наделенного божественной силой, который возглавит людей в освободительной войне. Морфеус считает, что Нео и есть Избранный. Морфеус рассказывает Нео, что разум и тело — это отдельные сущности, но они взаимосвязаны, и потому, если ты сможешь управлять своим умом, то сможешь управлять реальностью и таким образом контролировать свою судьбу.
На самом деле Морфеус излагает древнее восточное философское учение, перенесенное в современную ситуацию, футуристическую по замыслу и исполнению. Нео, подобно Гамлету или воину Арджуне из классического индийского сказания Бхагавадгита, предстоит выбрать свою судьбу. Эта тема выбора, выбора реальности, в которой герой хочет находиться, пронизывает весь фильм. Когда Нео на следующий день приходит на работу, он должен выбрать: либо быть служащим Томасом Андерсоном, как днем, либо, как ночью, проявить свою истинную, ночную сущность — стать бунтарем Нео. Придя в свой офис, Нео видит пакет. Звонит сотовый телефон. На линии — Морфеус. Он говорит Нео: «Они уже пришли за тобой... Есть только два пути уйти из здания — либо по строительным лесам, либо в наручниках». Как Гамлет или Арджуна, Нео воплощает собой героя поневоле: прежде чем подняться на другой, более высокий уровень сознания, он должен принять себя и свою судьбу.
Нео попадает в тюрьму, где в него вживляют «жучок». Тринити и ее друзья подбирают Нео под мостом. После того как «жучок» обезврежен, Нео встречается с Морфеусом. Сочетание древнего и футуристического воплощается в различных именах, используемых в фильме. Так, корабль «Навуходоносор» назван в честь знаменитого вавилонского царя, которому приписывают разрушение Храма Соломона и восстановление Храма Мардука, так что он одновременно является разрушителем и строителем. Это имя подходит кораблю, потому что он стал пристанищем маленькой группы бунтарей, решивших уничтожить Матрицу. В греческой мифологии Морфей — бог сновидений, который сплетает их в ткань глубокого сна. Нео, конечно, означает «новый», а Тринити — Троица — устойчивый мотив самых разных религиозно-мифологических систем. Создание мифологического «эха» — простой способ придать глубину и объем сюжетной линии.
С этого момента история начинает быстро развиваться благодаря действиям героев и разъяснениям. Оказывается, Нео может стать Избранным, только приняв звание Избранного. Другими словами, то, что мы считаем правдой, это и есть правда. Это обстоятельство определяет первый сюжетный поворот.
Именно в этой поворотной точке сюжета Нео впервые встречается с Морфеусом лицом к лицу. В ходе встречи происходит ключевое событие, Морфеус предлагает Нео выбор: принять либо синюю капсулу — и вернуться в привычную реальность, либо красную — и познать истину. Нео без колебаний выбирает красную капсулу. Действительность искажается, и он попадает в какие-то закоулки между виртуальной реальностью и потусторонним миром. В последовательности странных картин, напоминающих творения художника Ганса Рудольфа Гигера, Нео возрождается как человек, свободный от пут своего ограниченного ума. Словно новорожденный, он должен переучивать тело и ум, чтобы найти в себе спящие неограниченные способности. Процесс начинается с обучения боевым искусствам и схваток с Морфеусом.
Это первый сюжетный поворот, который и является истинным началом истории; это событие, которое «цепляет» действие и переводит его во второй акт. Контекст второго акта — конфликт, потому что на пути реализации своего драматургического предназначения Нео встречает препятствие за препятствием. Их необходимо преодолеть, чтобы познать Матрицу и реализовать себя. Так выполняет свою функцию первый сюжетный поворот.
Срединной точкой истории является встреча Нео с замечательным персонажем — оракулом, предсказательницей Пифией. Когда я впервые смотрел фильм, я ожидал увидеть какого-нибудь старого-старого седовласого мудреца — возможно, с длинной редкой бородой. И был восхищен и удивлен, обнаружив, что оракул — это Пифия, женщина средних лет, которая умеет печь вкусное печенье. Когда она буднично спрашивает Нео, считает ли он себя Избранным, тот отрицательно качает головой: «Я — обычный парень». Здесь снова показано, что Нео фактически находится в плену своей системы взглядов и своего ограниченного ума. «Жаль», — говорит Пифия. «Почему?» — спрашивает Нео. «Потому что Морфеус верит в тебя, Нео. И ни ты, ни даже я не сможем его в этом разубедить, — говорит Пифия. — Он верит в тебя так слепо, что ради тебя пожертвует своей жизнью... Тебе придется выбирать — либо его жизнь, либо твоя. Кто-то умрет, он или ты. А кто — тебе решать».