Боязнь заговора со стороны ближайших родственников стала причиной того, что Мехмед ввел пагубный обычай не давать шехзаде (своим сыновьям) принимать даже малейшее участие в управлении империей (как это делалось испокон веков). Сыновья Мехмеда содержались взаперти в гареме в павильоне, который так и назывался: «Клетка» (Kafes). Во время своего правления Мехмед казнил поочередно двух своих сыновей, которых параноидально заподозрил в заговоре против трона.
Сразу же после прихода Мехмеда к власти янычары подняли мятеж и потребовали повышения жалованья и других привилегий. Мехмед удовлетворил их требования, однако вскоре вспыхнули беспорядки среди населения Стамбула, которые приняли более широкий размах. Их удалось подавить только после того, как визирь Ферхад-паша вывел на улицы артиллерию, смертоносный огонь которой быстро образумил бунтовщиков.
Через год после своего восшествия на престол Мехмед III решил организовать очередной поход против Габсбургов, лично возглавив армию. Эту мысль Мехмеду внушил его наставник Садеддин Ходжа, который убедил султана в «необходимости завоеваний и добродетелях священной войны». В тот период это имело особое значение, поскольку турецким войскам, потерпевшим ряд серьезных поражений от христиан, нужно было вновь обрести уверенность в своих силах. Валиде-султан Сафие была непримиримо настроена против того, чтобы ее сын отправился на войну. Она стала действовать через любимую наложницу Мехмеда, которая по наущению Сафие пыталась уговорить султана изменить свое решение. Однако это стоило девушке жизни. В донесении, датированном 6 июля 1596 года, венецианский дипломат Марко Веньер писал по этому поводу: