На последнем этапе, на рубеже XVII и XVIII веков кельи продлили по другую сторону Писчей кельи почти что до поворота стены Успенского монастыря. Внутренняя структура этой части здания более обычна. Во втором этаже к кельям переднего ряда через засенья сзади примыкали такие же холодные кельи, поставленные над кладовками нижних келий и над проездом. У нижнего этажа келий окна не имели обрамлений, у верхнего они были обведены рамкой цветных изразцов, сходных с изразцами палатки над Писчей кельей, но отличающихся от них по расцветке. Из входных крылец в этой части здания только одно сделали каменным, другое — деревянным.
В целом Монашеские кельи выделялись своими размерами, сложностью и живописностью. Совершенно уникальная их особенность — включение в композицию маленьких двухэтажных световых двориков, вокруг которых как бы концентрировалась замкнутая внутренняя жизнь, отделенная от внешнего мира.
В дальнейшем здание сильно исказили. Внутренние дворики превратили в темные кладовки. Более всего пострадала восточная часть келий, относящаяся к последнему этапу строительства. Она сильно обгорела во время пожара 1764 года. Сейчас в верхнем этаже у нее утрачены почти все своды и выломаны многие внутренние стены. Крайняя торцовая часть корпуса вообще сломана, и сохранилась только ее фасадная стена. В 1803 году памятник подвергся перестройке, в большей степени затронувшей его фасады, чем внутреннюю структуру. Лестницы перенесли внутрь, для чего пришлось пробить своды в сенях, а крыльца сломать. Окна растесали, а наличники тщательно срубили. Снаружи кельи получили унылый казарменный облик. Несмотря на это, внутри основной его части сохранились не только своды, но и старые проемы, а также многие закладные колоды, что представляет большую редкость.
Священнические кельи, расположенные к востоку от собора, имеют более простую планировку. Они также состоят из повторяющихся секций, но, благодаря малой ширине здания, около каждых сеней помещено только по одной сводчатой палате. Деревянные дворовые пристройки сгорели в 1764 году. Так же, как и у северного корпуса келий, здесь прежде находились три каменных крыльца, замененных позднее внутренними деревянными лестницами.
Внешние архитектурные формы здания искажены, но внутренняя планировка в основном сохранилась. Как установлено, богатые оконные наличники, теперь сбитые, украшали только второй этаж на фасаде, обращенном в сторону собора, нижние окна наличников не имели.
К Священническим кельям с южной стороны вплотную примыкает еще одно здание келий, известное по поздним документам как Монастырский архив. Оно имеет необычную для келий конфигурацию в виде компактного объема. Это объясняется тем, что строители повторили структуру келий, примыкающих к Святым воротам, но воспроизвели только одну из его секций. В здании выломаны своды и пробиты новые проемы, тем не менее система внутренней планировки очень четко читается. Сравнительно хорошо сохранились лишь коридор и кладовки в нижнем этаже, где остались и своды, и маленькие окна. Внутренние дворики, располагавшиеся по сторонам засенья, с боковых сторон отгораживали глухие внешние стены. Окна верхнего этажа на главном фасаде украшали обычные для кирилловских келий наличники, нижние окна были более простыми. Прежде к главному фасаду примыкало деревянное крыльцо для входа на второй этаж.
В меньшей степени искажено здание келий, расположенное между крепостной стеной и церковью Евфимия (здесь в позднейшее время помещалось Духовное училище). Внутри его в обоих этажах сохранились стены и своды. Оно состояло из двух секций с сенями и кельями по их сторонам. Обращенный к монастырской ограде ряд помещений во всем сходен с передним, но в них прослеживаются следы бывших здесь некогда отхожих мест, выгороженных в толще наружной стены. В торце здания со стороны церкви Преображения передняя и задняя палаты нижнего этажа объединены в единое, необычно длинное помещение. Большая часть проемов в здании растесана, но со стороны крепостной ограды и больничных палат некоторые из них сохранили первоначальную арочную форму. На главном фасаде верхние окна были прежде украшены наличниками. Вход на второй этаж осуществлялся по двум деревянным крыльцам.