Другое замечательное собрание Музея образовалось из предметов крестьянского и городского хозяйства и быта, причем с самого начала сотрудники Музея собирали вещи, происходящие из Кирилловского района, а точнее — из ближних и дальних окрестностей Ферапонтова. Жители многих деревень охотно жертвовали Музею сохранившиеся у них предметы XIX и XX века: иконы, книги, гончарные изделия, кросна, снасти для кросен, точила и жернова, весы и безмены, стеклянную и деревянную посуду, прялки и скалки, сундуки и короба, старинные ткани, повседневную и праздничную одежду, старые письма, фотографии и документы и множество других вышедших из употребления предметов. Так формировалась этнографическая коллекция в Музее, дающая хорошее представление о крестьянской культуре Белозерского края. Десятки деревень вокруг Ферапонтова существуют с XV и XVI веков и, надо думать, крестьянский быт тех давних времен мало чем отличался от быта XIX или начала XX века, так что этнографическое собрание Музея имеет и историческое значение.
Еще одна новосозданная коллекция Ферапонтовского музея — собрание старопечатных книг и рукописей. Когда-то, в XV и XVI веках Ферапонтов монастырь был видным центром книгописания и литературной деятельности, и он обладал отличной библиотекой, рассеянной впоследствии — после закрытия монастыря в 1799 году — по множеству государственных и частных коллекций. Укажем, например, на Острожскую Библию, отпечатанную Иваном Федоровым в 1581 году. Данная вкладом в Ферапонтов монастырь неким Кириллом Евтихиевым в 1590 году, она в XX веке обнаружилась в частном собрании известного старообрядческого собирателя М. И. Чуванова, а в 1979 году ферапонтовский экземпляр Библии перешел вместе с основной частью чувановского собрания в Российскую Государственную библиотеку.
Приступив к воссозданию коллекции старых печатных и рукописных книг в Ферапонтове, коллектив Музея начал с нуля. В августе 1993 года была приобретена в Ярославле первая старопечатная книга: Минея общая единоверческой печати XIX века. Но через пять лет ферапонтовское собрание насчитывает уже более 500 старопечатных книг и более 50 рукописных книг XV–XX веков. За немногими исключениями все они принесены Музею в дар частными лицами и благотворительными организациями. По общему числу старопечатных изданий ферапонтовская коллекция занимает ныне третье место в Вологодской области и догоняет такое старое собрание аналогичного рода, как собрание Вологодского областного историко-художественного музея-заповедника. Если же говорить о качестве экземпляров, то ферапонтовский музей прочно занял ведущее место в области: в его собрании 8 изданий XVI века (во всех других вместе взятых собраниях их только 5), отличный подбор редких изданий XVII и XVIII веков, десятки экземпляров с владельческими и вкладными записями (в том числе и царскими), много изданий с гравюрами и рисунками и художественно оформленными окладными переплетами.
Особое место в собраниях Ферапонтовского музея занимают архивы и фотоархивы. Мы говорим о них во множественном числе, поскольку они распадаются на ряд именных фондов. По количеству ценнейших документов первое место следует отвести фонду Валентины Ивановны Антоновой, около тридцати лет заведывавшей Отделом древнерусского искусства в Третьяковской галерее. В этом многотысячном архиве представлена и вся служебная документация названного отдела, так что его история не может быть восстановлена без обращения к архивам Ферапонтова. Замечательными документами богаты и архивы других дарителей: Г. И. Вздорнова, А. А. Сидорова, Т. А. Буткевич, Е. Ф. Каменской. Выдающийся фотограф Дмитрий Владимирович Белоус принес в дар Музею свой многолетний фотоархив — 14500 большеформатных негативов, на которых запечатлены тысячи произведений русского и западноевропейского изобразительного искусства в музеях Российской Федерации, а также памятники русской архитектуры. Не менее богат и фотоархив Г. И. Вздорнова — в нем не менее 15000 фотоотпечатков и негативов, причем существенно, что в основной своей части это снимки с памятников древнерусского изобразительного искусства («архитектурная» часть этого фотоархива находится в институте истории материальной культуры Российской Академии наук в Петербурге.)
Мы обрисовали общую картину формирования фондов нынешнего Музея фресок Дионисия в Ферапонтове. Но поступающие сюда экспонаты и рабочие материалы столь разнообразны, что нет возможности сообщить сколько-либо полные сведения даже об отдельных монографических фондах, например, о вещах из бывшего дома Бриллиантовых, которые периодически присылаются их родственниками из Тверской области и поселка Горицы близ Кириллова, или о большом собрании акварелей и чертежей архитектора В. С. Витухина, переданных в Ферапонтово его вдовою Б. Л. Рубинштейн. Необходимо просто сказать о том, что круг друзей Музея фресок Дионисия велик, и нет сомнения, что он будет расти и впредь.