Хайсана сменил младший брат Аурбавади (император Жэнь-цзун, 1311–1320 гг.), которого воспитывал ученый-конфуцианец. Новый император восстановил систему экзаменов и привлек в правительство приверженцев учения Конфуция — правда, позаботившись о более легких заданиях для кандидатов из числа монголов. На самом деле влияние и привилегии монгольских князей практически не скрывались, и они продолжали получать щедрые подарки от императора, что шло вразрез со стремлением правительства ограничить государственные расходы. Попытка обновить списки налогоплательщиков привела к восстанию землевладельцев, которые боялись новых налогов. В последние годы правления Аурбавади вмешательство в государственные дела матери императора, вдовствующей императрицы Тарги, привело к фракционной борьбе и практически парализовало деятельность правительства.
Следующим правителем стал сын Аурбавади, восемнадцатилетний Судхипала (император Ин-цзун, 1320–1323 гг.). Канцлер правой руки, некто Темудер, который был ставленником вдовствующей императрицы, обратил свой гнев на политических противников, обвинявших его в коррупции, казнил многих из них и практически превратился в диктатора. Император, воспитанный в принципах конфуцианства, окружил себя чиновниками из среды ученых, придерживавшихся тех же взглядов, и внедрение конфуцианских идей привело к улучшению дисциплины среди государственных служащих и ослаблению бремени подневольного труда, от которого страдал народ. В то же время император увлекался буддизмом, и по его приказу несколько тысяч солдат за три года выстроили грандиозный буддийский храм к западу от Даду. Конец правлению Судхипалы положил указ об отмене практики ежегодных богатых даров монгольским князьям. Недовольные князья вместе со сторонниками Темудера ворвались в покои и убили императора.
Для продолжения династии Юань из Монголии привезли одного из племянников Тимура, Ясуна (император Тай-дин, 1323–1328 гг.). Он сразу же казнил или отправил в ссылку всех участников дворцового переворота. Ключевые посты в его правительстве занимали монголы, которые в большинстве своем были мусульманами и не стеснялись использовать государственные средства для строительства мечетей.
После смерти Ясуна развернулась ожесточенная борьба за императорский трон. В ней победил один из сыновей Хай-сана по имени Тог, который отравил своего единокровного брата, тоже претендовавшего на верховную власть. Новый император (Вэнь-цзун, 1328–1332 гг.) обрушился с репрессиями на сторонников побежденного хана — последовали массовые казни, ссылки, конфискация собственности. В правительстве вновь доминировали мусульмане, однако, несмотря на богатые подарки родственникам императора, краткий период его правления отмечен как минимум восемью заговорами аристократии. Эти заговоры усугубили политическую нестабильность, вызванную восстаниями этнических меньшинств на огромной и разнородной территории империи (всего с начала эпохи Хубилая до конца правления Тога таких восстаний было не менее 130), а также наводнениями и засухами, в результате которых миллионы человек остались без крова. Император стремился укрепить постоянно слабеющие финансы страны отменой привилегий аристократов, уменьшением количества буддийских жертвоприношений в Шан-ту (со 165 до 104) и сокращением дворцовой прислуги, численность которой достигала десяти тысяч человек. Сам он был страстным поклонником Конфуция и старался организовать свой двор по образцу китайского. Талантливый поэт, искусный каллиграф, собиратель китайской живописи, он уважал ученых, исповедовавших принципы конфуцианства, и ежегодно награждал мужчин и женщин, прославившихся своим благочестием и честностью. С целью пропаганды высокого духа конфуцианства он основал совет ученых. Результатом деятельности совета стал обширный свод документов и законов, получивший название «Великий закон управления миром».
После Тога династия Юань продолжилась самым кратким и самым долгим правлением за всю ее историю. Сын Тога Иринцибал, которому было всего шесть лет, умер через два месяца после восшествия на трон, уступив место тринадцатилетнему Тоган-Тимуру (император Шун-ди). Тот был провозглашен императором в 1333 году и правил страной тридцать три неспокойных года.