Подозрительность, с которой китайцы относились к Западу после этих событий, удалось несколько ослабить одному выдающемуся европейцу. Это был итальянский иезуит Маттео Риччи, построивший первую христианскую церковь в нескольких милях от Кантона и в 1602 году обосновавшийся в Пекине. Переняв китайские обычаи и проявив безграничное терпение, он установил дружеские отношения с представителями правящего класса, причем не в последнюю очередь благодаря тому, что распространял научные знания Запада — он сам был выдающимся математиком — и переводил на китайский язык труды Евклида и других ученых по гидравлике и астрономии. Он обратил в христианство нескольких аристократов, но его миссионерская деятельность наталкивалась на серьезное сопротивление: высшие слои общества стремились к индивидуальному совершенствованию, а низшие погрязли в суевериях и верили в идолов, так что ни тех ни других не интересовала чужеземная религия. Более того, считалось, что прерогатива слышать веления Неба принадлежит одному императору. В 1610 году, вскоре после смерти Риччи, христианская церковь в Китае впервые подверглась гонениям, хотя и не очень сильным.
Вторая половина правления Шэнь-цзуна отмечена несколькими военными кампаниями. Одна экспедиция была направлена против непокорного племени мяо на южной границе провинции Сычуань. Восстание не утихало все 90-е годы XVI века, и для его подавления имперской армии пришлось прибегнуть к психологической войне, в которой применялись информационные бюллетени и листовки. Второй поход имел своей целью далекий северный Ордос, где армия взбунтовалась из-за задержки жалования. Мятежники укрылись в городе и оказывали ожесточенное сопротивление осаждавшим его императорским войскам, пока вокруг всего города не был вырыт ров длиной три мили и глубиной до девяти футов. В этот ров осыпались оборонительные стены, и вождь мятежников, монгол по национальности, совершил самоубийство — сжег себя заживо.
Велись военные действия и против японцев, которые в 1592 году вторглись на территорию Кореи, — конечной их целью был Китай. Китайцы контратаковали, в свою очередь нацелившись на Японию. В результате семилетней войны на суше и на море ни одной из сторон не удалось реализовать свои планы — удача сопутствовала то китайским, то японским войскам, и все закончилось тем, что японцы отступили из Кореи, оставив лишь небольшой гарнизон в одном корейском городе. Любопытный эпизод во время одного из многочисленных перемирий в этой войне иллюстрирует убеждение китайцев в том, что их император является Сыном Неба и, следовательно, повелителем всех народов, а остальные государства должны быть его вассалами. Китайцы предложили пожаловать японскому полководцу титул царя Японии, если тот согласится вывести войска, но когда китайские послы прибыли в лагерь противника с императорским патентом и шелковым халатом для церемонии, японский военачальник гневно отверг саму мысль о том, что он станет вассалом, выплачивающим дань китайскому императору. На протяжении многих веков китайцы верили во всемирный характер своей империи и доминирующее влияние, исходящее из ее столицы.
Еще одной военной кампании было суждено сыграть решающую роль в падении династии и бросить тень на ближайшее будущее страны. Племенной союз монголов и тунгусов (общее название — чжурчжэни), в XII веке основавший на обломках Северной Сун империю Цзинь, был вытеснен сыном Чингисхана далеко на северо-восток. Там к ним присоединились свежие силы за счет мигрантов на запад из их родных земель на севере Кореи, и они стали называться маньчжурами. Их армия была составлена из отрядов, которые назывались «знаменами». В 1583 году под руководством одного из вождей, некого Нурхаци, которому в то время было двадцать четыре года, маньчжуры начали создавать империю, которая вскоре объединила всю Маньчжурию и проживавшие в ней монгольские племена. Поначалу они довольствовались торговлей с Китаем, добившись монополии на поставку жемчуга, соболя и женьшеня, и выплачивали китайской империи дань. Однако Нурхаци неприязненно относился к Китаю и стремился избавить свой народ от вассальной зависимости от соседа. После нескольких удачных стычек с китайскими войсками он опубликовал список претензий — так называемые «семь жалоб» — к Китаю, потребовав отдать часть территории и ежегодно выплачивать дары в виде золота, серебра и шелка.
Эти требования заставили Китай предпринять карательную акцию. В 1619 году 100-тысячная армия, в составе которой было крупное подразделение корейских стрелков, вооруженных мушкетами, вторглась в Маньчжурию. Ее командующий совершил ошибку, разделив свое войско на четыре колонны, тогда как маньчжуры, армия которых была вполовину меньше китайской, при каждом столкновении с противником собирали силы в единый кулак. В результате маньчжуры в течение одной недели одержали серию блестящих побед. Только в одной битве китайцы потеряли 25 тысяч человек убитыми, а после другого поражения китайский главнокомандующий покончил жизнь самоубийством, подорвав себя при помощи пороха.