Экономические трудности, которые переживала страна, требовали повышения доходов казны и мер по сокращению расходов. К числу последних относилось сокращение норм довольствия гарнизона в Нанкине, что послужило причиной мятежа. В 1560 году разъяренные бунтовщики вытащили министра доходов из его кабинета и убили, а обнаженное тело повесили в качестве мишени для стрел. Налоговые поступления снижались из-за того, что большое количество возделываемой земли вывели из государственного реестра, а вновь осваиваемые земли не регистрировались. Как бы то ни было, экономика страны развивалась, а государство переживало трудности. Международная торговля, которая могла служить богатым источником налоговых поступлений, оставалась под запретом. Причиной этого запрета был страх перед иностранными шпионами и опасными союзами с влиятельными силами за рубежом. В результате восточное побережье страны на протяжении тысячи миль к югу от Нанкина жило контрабандой и пиратством.
Евнухи и коррумпированные чиновники портовых городов в большинстве своем нарушали запрет на международную торговлю, а богатые семьи снаряжали флотилии численностью в сотни судов, и начиная с 40-х годов XV века с Японией шла оживленная торговля. Из Японии также прибывали отряды бандитов, которые грабили прибрежные города даже к северу от Нанкина. Пиратство процветало и среди китайцев, и нередко торговцы совмещали легальное ремесло с пиратством и контрабандой. Стихийные бедствия, обрушившиеся на этот регион, вызвали поток беженцев, многие из которых присоединялись к пиратам. Бандиты захватывали даже укрепленные города и осмеливались отходить от побережья на большое расстояние. Имперские войска, отправленные против пиратов, время от времени добивались успеха — одна из карательных экспедиций привезла девятнадцать сотен голов. Однако в целом правительство не контролировало ситуацию вплоть до конца 60-х годов XVI века, когда большая правительственная армия постепенно уничтожила пиратов, а через несколько лет побережье официально открыли для морской торговли.
В годы затворничества, последовавшие за неудачной попыткой покушения на его жизнь, император, давно увлекавшийся алхимией и даосизмом, все свои решения принимал на основе пророчеств. Один из методов предсказания заключался в следующем: два медиума держали короткие лучи предмета в виде буквы Т, а длинный луч с торчащим из него острым стержнем помещался над блюдом с песком и чертил ответы на вопросы, которые записывались золотыми чернилами на темно-синей бумаге, а затем сжигались, чтобы дым мог подняться к даосскому божеству, которому они были адресованы. Главный даосский советник императора, некто Дао Чжун-Вэн, прописал императору пилюли, усиливающие сексуальное влечение и состоявшие преимущественно из красного свинца и белого мышьяка. Император уже не мог обойтись без пилюль и постепенно отравлял свой организм. Для достижения бессмертия Дао также рекомендовал сексуальные отношения с девственницами и в 1552 году отобрал для этой цели восемьсот девушек в возрасте от восьми до четырнадцати лет, а в 1555 году к ним добавились еще сто восемьдесят девственниц. Однако ничто не могло остановить действие эликсиров, разрушавших организм императора. Он страдал от бессонницы и резких перепадов настроения, мгновенно переходя от депрессии к ярости. С 1564 года евнухи клали персики — символ долголетия — в его постель, утверждая, что это дары бессмертных. Разум Ши-цзуна слабел, и когда состояние императора ухудшилось, его переселили из Дворца вечной жизни в Запретный город, где он и умер около полудня 23 января 1567 года. Так завершилось сорокачетырехлетнее правление, запомнившееся скорее странностями, чем достижениями.
Старший сын Ши-цзуна, которому исполнилось двадцать девять лет, взошел на трон под именем Му-цзун и девизом Лун-чян. Возможно, он был умственно отсталым, поскольку отличался неаккуратностью, плаксивостью и нерешительностью. В период своего правления, длившегося пять с половиной лет, он практически не вмешивался в управление страной, но государственный аппарат под началом компетентных министров был настолько эффективен, что империя наслаждалась спокойствием и процветанием.
В 1573 престол унаследовал его сын, император Шэнь-цзун (эпоха его правления получила девиз Ан-ли). Это был девятилетний мальчик, умный и преждевременно повзрослевший; влияние его матери, исповедовавшей буддизм, проявилось в том, что он ни разу не утвердил смертный приговор. Однако его правление отмечено усиливающимися противоречиями между монархом и чиновниками. В результате Шэнь-цзун превратился в настоящего затворника, нелюдимого и тучного, а правительство империи состояло из тех, кто сумел победить в бесконечной борьбе за власть.