Учение о двух истинах имело еще одно важное Доктринальное следствие, вполне согласующееся с ориентациями собственно махаянской идеологии в целом. Диалектическое единство истины относительной и истины высшего смысла вело к отождествлению сансары и нирваны, поскольку с точки зрения Мадхьямики для того, кто достиг истинного знания, «не существует ни малейшего отличия сансары от нирваны, ни малейшего отличия нирваны от сансары; то, что выступает пределом нирваны, есть также предел сансары, и между ними нет никакого оттенка различия».
К середине V в. в Мадхьямике отчетливо выделились две подшколы —. Прасангика и Сватантрика.
Последователи Прасангики ограничивали область философствования негативной диалектикой, пытаясь показать логическую шаткость любого позитивного высказывания относительно природы реальности, в частности относительно потока психической жизни. Главной мишенью их критики было определение дхармы как того, что обладает «собственным бытием»
К школе Прасангика принадлежали Буддхапалита, Чандракирти (VII в.), наиболее авторитетный комментатор «Мадхьямака-карик» Нагарджуны, и Шантидева (начало VIII в.), автор базового текста поздней индийской Мадхьямики «Бодхичарья-аватара», получившего широкую известность в школах тибетского буддизма.
Согласно принятой в научной литературе точке зрения, Прасангика представляла высший этап развития буддийского философского дискурса. Однако теоретики позднего тибетского буддизма склонны рассматривать ее только как переходную ступень к философской концепции опыта, разрабатывавшейся Виджнянавадой, второй, наряду с Мадхьямикой, крупной махаянской школой.
Другая подшкола Мадхьямики, Сватантрика, исходила из признания факта реального существования дхарм, определяемых как «носитель, безраздельно совпадающий с собственным признаком»
Те сватантрики, которые принимали посылку саутрантиков о номинальном существовании ряда дхарм из списка классической (строгой) Вайбхашики, получили наименование последователей школы Саутрантика-мадхьямика-сватантрика. К ней принадлежал Бхававивека, он же Бхавья (конец V–VI в.), автор «Мадхьямика-хридаи» и комментария к ней «Таркаджвала» — двух текстов, в которых и был изложен метод Сватантрики. Этот метод «прямой аргументации» обосновывал возможность позитивных диалектических высказываний в рамках общей для всех подшкол Мадхьямики установки на трактовку дхарм как «пустоты».
Согласно ряду позднебуддийских источников, именно в период деятельности Бхававивеки и произошло резкое размежевание между Мадхьямикой и Виджнянавадой (учением о сознании), которое в дальнейшем все более углублялось и привело в IX в. к окончательному оформлению этих двух крупнейших школ Махаяны.
Сватантрики, усвоившие некоторые идеи Виджнянавады, составили другую подшколу Мадхьямики — Йогачара-мадхьямика-сватантрику. К ней принадлежали такие известные мыслители поздне-буддийской Индии, как Шантаракшита, автор «Таттва-санграхи» (760), и Камалашила, написавший комментарий к ней (793), а также три небольшие работы о последовательных ступенях йогического сосредоточения — «Бхаванакрама».
Истоки второй ведущей школы махаянской философской мысли — Виджнянавады могут быть прослежены в двух махаянских сутрах — «Ланкаватаре» и «Сандхинирмочане», созданных в период между серединой II–IV вв. Первая из этих сутр, а также «Аватамсака» («Цветочная гирлянда») свидетельствуют об известном единстве Мадхьямики и Виджнянавады, при котором опорные идеи Махаяны принимаются в равной степени обеими школами, получая различную интерпретацию только на уровне более детального философского рассмотрения.