Обретение Московским государством окончательной самостоятельности при Иване III означало, что цель стратегии Александра Невского была достигнута. Великокняжеская власть Московской Руси навязала всем землям и князьям Восточных русских земель свою волю, подчинила всех соперников династии московских князей из других Великих княжеств своим централизованным, опирающимся на русскую церковь и чиновное боярство государственным отношениям. Этому способствовало и то обстоятельство, что Москва со времени княжения Ивана Калиты превращалась в центр сбора дани для ордынских ханов, получила от ханов права взимания всевозможных податей и пошлин во всех восточных княжествах, и в ней оказалось средоточие постепенного возрождения городской хозяйственной и торговой деятельности, направляемой великокняжескими чиновниками. Через Новгород и Москву стала налаживаться торговля западноевропейских соседей и стран северной Европы с ханствами Поволжья и с Персией, и московские купцы вместе с новгородскими купцами начали обогащаться на соответствующих посреднических сделках. В Московской Руси возрождалось на новом витке исторического развития то же двуединое государство новгородской республики и великокняжеской власти, каким оно было во времена Киевской Руси. Это предопределило сложные и противоречивые отношения между Московскими князьями и Новгородскими учреждениями общественной власти. Сглаживать острые противоречия между двумя главными и самыми крупными городами Московской Руси удавалось порой только церкви.
Женившись в 1472 году на племяннице последнего Византийского императора Софье Палеолог, Иван III поставил новую историческую цель перед московской государственной властью. Согласно взглядам Ивана III, после его брака на представительнице династии Византийских императоров Московская Русь получала законные права взяться за собственное восстановление православного имперского пространства. Такую цель поддержала и русская православная церковь. Однако для осуществления данной цели у Московской великокняжеской власти не было необходимой опоры на народные сословные отношения государствообразующего этноса. В Московском великокняжеском государстве удельные феодальные противоречия были задавлены, загнаны внутрь церковью, возглавляемыми боярами учреждениями чиновников и войсковыми силами, которые управлялись назначаемыми Великим князем воеводами. Московская государственная власть насильно создавала великорусскую народность, как воссоздаваемую часть древнерусской народности, и эта народность сама зависела от способности великокняжеской государственной власти сдерживать местные, опирающиеся на древние языческие традиции родоплеменных общественных отношений, а так же на традиции собственной великокняжеской власти стремления к учреждению самостоятельной государственной власти. Натянутыми оказывались отношения Московской великокняжеской власти с населением Рязанского и Тверского княжеств, но особенно сложными они были с общественно-государственной вечевой властью Новгорода Великого, которая признавала свою зависимость от Великих князей Москвы, но с оговорками, явно ограничивала её определёнными пределами.