Существовавший в Риме лунный календарь в триста пятьдесят пять дней вызывал необходимость через год добавлять к году целый месяц, чтобы в среднем в году получалось триста шестьдесят шесть дней; лишний день ликвидировался, если дополнительный месяц исключался из календаря один раз в двадцать лет. Но поскольку римские жрецы, следившие за этими сложностями, не занимались своим делом во время длительного пребывания Цезаря в Галлии в 50-х годах до н. э., римский календарь постепенно ушел на два месяца вперед. Получилось, что на летний месяц июль приходился по календарю осенний месяц сентябрь; дни праздников сместились и выпадали на несоответствующий период. Так что советники Клеопатры оказались весьма вовремя в Риме и исправили это серьезное расхождение.
Под руководством ее придворного астронома Сосигена римский сложный лунный календарь был упразднен и принят более простой солнечный египетский. Он получил название юлианский, в соответствии с ним год состоял из трехсот шестидесяти пяти дней, и еще один день добавлялся к каждому четвертому году, который стал называться високосным. Пятый месяц квинтилис переименовали в июль в честь Цезаря. Его день рождения, приходившийся на этот месяц, отмечался так же широко, как и дни рождения восточных правителей.
Вводя новый календарь с 1 января 45 года до н. э., Цезарь и Сосиген добавили два дополнительных месяца между ноябрем и декабрем 46 года до н. э. как единовременную меру. Таким образом, 46 год до н. э. оказался самым длинным в истории — он растянулся на четыреста сорок пять дней, так что пребывание Клеопатры в Риме было более продолжительным, чем с 46 по 44 год до н. э. Продление года также имело серьезные политические последствия, поскольку те, чей срок полномочий составлял один год, занимали свой пост несколько дольше.
В то время как весь образ жизни Рима менялся по воле одного человека, находившегося под влиянием не просто иноземца или даже женщины, но и монарха, истовые республиканцы искали способы, как положить конец этим реформам. Стали поговаривать, что Рим уже не хорош для Цезаря, что он собирается перенести столицу в Александрию и даже провозгласить себя царем и править вместе с женой-иностранкой. Все видели, что они открыто появляются вместе в Риме, считая себя супружеской парой, презрев римский закон и то, что Цезарь официально состоял в браке с Кальпурнией, и в довершение всего он собирался провести закон, позволяющий ему иметь не одну жену.
Между тем, несмотря на происходившие в Риме перемены, гражданская война не утихала, и сыновья Помпея, скрывавшиеся в Испании, не собирались складывать оружие. Задача принудить их к сдаче снова встала перед Цезарем. Хотя упоминания о местонахождении Клеопатры в этот период позднее уничтожили, равно как и все другие подробности ее пребывания в Риме, можно предположить, что на некоторое время она вернулась в Египет, чтобы заняться там государственными делами, а Цезарь в ноябре 46 года отправился в Испанию.
Сыновьям Помпея и их союзникам удавалось избегать прямого столкновения в течение нескольких месяцев, пока Цезарь наконец не навязал им сражение весной 45 года до н. э. Оно началось 17 марта в сорока милях от современной Севильи при городе Мунде. Пятидесятичетырехлетний полководец вскоре оказался в гуще ожесточенной рукопашной схватки в первых рядах своих легионеров, буквально дравшись не на жизнь, а на смерть, пока не произошел перелом и противник не обратился в беспорядочное бегство, оставив на поле битвы тридцать тысяч человек. Цезарь потерял одну тысячу своих солдат. Еще были убиты от двадцати до тридцати тысяч повстанцев, продолжавших сопротивляться в Кордове. И хотя младшему сыну Помпея, Сексту, удалось снова скрыться, его раненый брат Гней был пленен и казнен, а его отрубленную голову выставили на всеобщее обозрение.
Однако Цезарь отнюдь не торжествовал. Неимоверное напряжение сил сказалось на состоянии его здоровья, и в Кордове снова произошел приступ эпилепсии. Этот случай расстроил Цезаря до глубины души. Он пришел в ужас при мысли, что такое может произойти на глазах его врагов и подорвать его имидж всемогущего человека. Проведя некоторые реформы в Испании, в августе он отбыл в Италию, но не направился прямо в Рим. Вместо этого он сделал остановку в своем имении в Лабикуме, что к юго-востоку от города, где 13 сентября под влиянием мыслей, что он не бессмертен, изменил свое завещание.
Он объявлял, что дарит три золотые монеты каждому римскому гражданину и передает парк своей виллы на Яникульском холме в общественное пользование. Деньги также предназначались Антонию, но большую часть своих обширных имений, которые он намеревался оставить своему зятю Помпею и потом любому сыну Кальпурнии, он завещал семнадцатилетнему внучатому племяннику Октавию. Как внук сестры Цезаря Юлии и ближайший родственник по мужской линии в соответствии с римским законом он должен был взять имя Гай Юлий Цезарь Октавиан, но только после смерти самого Цезаря.