С приходом в Японию христианских миссионеров в середине XVI в. ситуация меняется. Правда, миссионеры (в основном — иезуиты) были, мягко говоря, идеологически ангажированными — ведь их основной целью являлось обращение японцев в христианство, а верования и убеждения аборигенов они считали дикими суевериями, которые следует по возможности искоренять. Кроме того, вхождение в чужую культуру требует довольно длительного времени, которого они оказались лишены: с 1637 г. Япония фактически закрылась для контактов, почти все европейцы (в основном португальцы и испанцы) были вынуждены покинуть страну. В связи с этим наблюдения и суждения миссионеров о японской духовной культуре и истории полны предрассудков, неточностей и прямых ошибок. В сущности, из сочинений миссионеров касательно «души» японцев можно больше узнать не столько о ней, сколько о самих европейцах. Совсем другое дело — японские обыкновения. Эту сферу христианские проповедники изучали очень старательно, понимая, что иначе трудно рассчитывать на религиозные успехи. Вот почему их «инструктивные» сочинения являются настоящим кладезем бытовых деталей японской средневековой реальности.
После закрытия страны у представителей далекой Европы оставалась только одна возможность для непосредственного контакта с японцами. Дело в том, что единственными европейцами, которым было позволено остаться в стране, оказались голландцы. Они были протестантами и в своих действиях руководствовались не религиозными, но коммерческими мотивами. Им удалось убедить японские власти в том, что протестантизм — не совсем христианство. Японцы и на них смотрели с опаской, но не ожидали с их стороны вооруженного нападения, как это было в случае с португальцами и испанцами. Голландцев интересовала прежде всего прибыль, которую извлекала Ост-Индская компания, и ради нее они были готовы терпеть любые унижения. Однако жить голландцам пришлось, по существу, «под домашним арестом». Их фактория располагалась на крошечном островке Дэсима возле Нагасаки. На Дэсима было всего две улочки, по которым они были вынуждены под наблюдением японцев дефилировать весь длинный год в ожидании весны — тогда директор фактории и несколько его подчиненных отправлялись в Эдо (Токио), чтобы в знак своей лояльности преподнести сёгуну подарки и представить отчет о событиях в мире за истекший год. Собственно говоря, путешествие в Эдо было единственной возможностью для ознакомления со страной. Вот почему служба в Японии считалась у персонала Ост-Индской компании сущим наказанием, да и торговые доходы были более чем скромными.
Раз в год голландским торговым кораблям дозволялось прибыть с товарами в Дэсиму. На одном из них 10 августа 1650 г. там появился знаменитый Ян Стрейс — парусный мастер из Амстердама, моряк, солдат, военнопленный, раб, купец, дипломат, писатель (известен российскому читателю как автор обширных и интереснейших записок о России). Путешествие в Японию — всего лишь маленький эпизод в его богатой рискованными приключениями жизни. Но пытливый и раскованный взгляд Стрейса, проницательность, проистекавшая из огромного жизненного опыта, делают «японские странички» его сочинений полезным вкладом в понимание Страны восходящего солнца.
Кроме торговцев в штате дэсимской фактории состоял врач. Прежде всего врачам мы обязаны своими знаниями о Японии той поры. К их числу относятся немец Кемпфер, служивший в голландской Ост-Индской компании еще в конце XVII в.; доктор К. П. Тунберг, швед по национальности, проехавший не только на стандартному маршруту Нагасаки—Эдо, но и совершивший в 1777—78 гг. путешествие по нескольким провинциям о. Хонсю; и, наконец, наиболее известный — Филипп Франц фон Зибольд (1796–1866), немецкий врач и натуралист. Он окончил университет в г. Вюртсбурге, где и заинтересовался Востоком. В 1823 г. приехал в Японию в качестве врача в составе голландской миссии и пробыл там до 1828 г. Его перу принадлежат капитальные труды по флоре и фауне Японии. Кроме того, он является автором наиболее полного для своего времени компендиума по географии, истории, политической жизни и этнографии японцев. Этот труд выходил частями и был закончен в 1858 г.
С трудами Ф. Зибольда в России не обошлось без приключений. Первый (и единственный) раз они вышли под его фамилией на русском языке двумя томами в Санкт-Петербурге в 1854 г. (см. библиографическую ссылку в соответствующем разделе). Однако перу Ф. Зибольда в том издании принадлежала едва ли пятая часть материала, а вся книга была переводом французской, изданной неким г. Жансиньи, информацию о котором приходится выуживать с немалым трудом из редких упоминаний в тексте. По этим крохам можно утверждать, что сам Жансиньи в Японии не был, но провел более трех лет в Китае, живал в Индии и Индонезии. На страницах своего компендиума он критически, но очень конструктивно сопоставляет сообщения разных исследователей, пытаясь разобраться в тайнах загадочной японской жизни.