Приняв во внимание жесткую сословную структуру японского общества и осознав необходимость как можно быстрее в нее интегрироваться, Валиньяно первым делом определил в ней место христианских падре. Надо сказать, что здесь он нисколько не изменил свойственному европейцам чувству превосходства, без лишних сомнений объявив всех иезуитских священников равными по положению высшему буддийскому духовенству школы
Новая политика, не посягая на священные цели, была по форме интеграционной, а по сути сводилась к четырем основным положениям: 1) строгое соблюдение принципа «сверху вниз»; 2) невмешательстве во внутренние дела страны и сохранение «нейтралитета» при всех обстоятельствах; 3) адаптация к местным традициям и обычаям во всем, что касается повседневной жизни и общения; 4) воспитание собственно японского духовенства с целью укрепления позиций христианства.
Первое является традиционным для всей политики иезуитов, где бы они ни были. Будучи организацией элитарной, иезуиты, как известно, всегда стремились иметь дело с высшими слоями общества. Безграничная же преданность японцев своему господину, с самого начала так восхищавшая иезуитов, как нельзя лучше вписывалась в рамки этого подхода. Они не без основания делали ставку на то, что обращение в христианство одного князя, обходившееся, кстати говоря, недешево, принимая во внимание стоимость подарков для его ублажения, гарантировало, что за ним последуют и все его родственники, и слуги. Это положение, на первый взгляд, сильно упрощало задачу миссионерам. Время, однако, показало, что со смертью главы семейства родные его в лучшем случае покидали лоно Церкви, а в худшем — становились ее ярыми противниками.
Пример тому — история с Отомо Сорин, правителем Бунго, одним из самых близких друзей и покровителей церкви. Сын этого князя Отомо Ёсимунэ отрекся от христианства и перешел на сторону ее противников — буддийских монахов.
Второе положение было, с одной стороны, продиктовано спецификой политической ситуации, а с другой — фактически демонстрировало отказ от каких бы то ни было притязаний на политическую власть в Японии. Общеизвестно, что религиозные интересы католической церкви были тесно связаны с политическими интересами португальской и испанской короны и являлись частью единой экспансионистской политики. Валиньяно же прямо предупреждает священников о недопустимости не только оказывать какую-либо военную помощь пусть даже и христианским даймё в междоусобных конфликтах, но даже помогать им советом, «потому что это противоречит основам нашей религии, и… способ, каким управляют в Японии, ее обычаи и нравы так сильно отличаются от правления христианских государей в Европе, что падре вряд ли смогут дать правильный совет, но легко могут впасть в заблуждение».
Принципиально новыми являются третий и четвертый принципы. Впервые за всю историю существования католической церкви европейским священникам предписывалось не только знать местные традиции, но и неукоснительно им следовать. И дело не только в том, что это являлось частью тонкой стратегии завоевания расположения и доверия японцев с целью их дальнейшего обращения в христианскую веру, но и в том, что, столкнувшись с отличной от европейской цивилизацией, европейцы впервые вынуждены были официально признать если не ее равнозначность, то хотя бы ее право претендовать на равнозначность. Они с удивлением обнаружили, что непохожесть и варварство — не одно и то же. Валиньяно писал в одной из своих работ:
«Различия в еде, одежде, ценностях, церемониях, языке, организации хозяйства, способе ведения переговоров, лечении больных и раненых, обучении и воспитании детей и во всем другом так сильны, что невозможно ни описать, ни понять их. Во всем этом не было бы ничего удивительного, если бы они [японцы] были такими же, как и другие варварские народы. Однако более всего достойно удивления то, что они предстают как очень достойные и культурные люди во всех сферах».
Более того, в качестве отдельного личного мнения в документах нередко высказывается мысль о превосходстве японцев над европейцами в некоторых сферах. Особенно часто с восхищением говорится о безукоризненной чистоте, соблюдаемой японцами буквально во всем. И не случайно одним из центральных требований, которые Валиньяно в рамках своей новой концепции предъявляет к падре, является соблюдение ими чистоты в быту и в приготовлении пищи.
Следствием признания прав японцев на собственную культуру является решение начать воспитание местного, японского духовенства. Начало этому было положено куратором в первый же приезд. Как уже говорилось, он основал ряд учебных заведений, куда принимались японские юноши.