Но если козаки так сильно желали смерти Ляпунова, то не меньше желал этого Гонсевский в Москве: козаки с Трубецким и Заруцким не были ему страшны, страшно ему было ополчение земских людей, когда оно имело такого деятельного и талантливого предводителя, как Ляпунов. На одной из стычек поляки взяли в плен донского козака, который был побратимом атамана Исидора Заварзина, этот Заварзин начал стараться, как бы освободить товарища, и выпросил у Гонсевского позволение повидаться с ним и поговорить, дав заклад. Гонсевский воспользовался этим случаем, велел написать грамоты от имени Ляпунова, в которых тот писал во все города: «Где поймают козака — бить и топить, а когда, даст бог, государство Московское успокоится, то мы весь этот злой народ истребим». Под руку Ляпунова искусно было подписано на грамоте. Пленный козак отдал эту грамоту Заварзину: «Вот, брат, смотри, какую измену над нашею братьею, козаками, Ляпунов делает! Вот грамоты, которые литва перехватила». Взяв грамоту, Заварзин отвечал: «Теперь мы его, б…. сына, убьем». Когда Заварзин пришел в стан и показал грамоту, то козаки собрали круг; Трубецкой и Заруцкий в круг не поехали; посылали за Ляпуновым два раза, он не поехал, в третий раз пришли к нему некозаки, Сильвестр Толстой, Юрий Потемкин, и поручились, что ему ничего не будет; Ляпунов вошел в круг: атаман Карамышев стал кричать, что он изменник, и показал грамоту, подписанную его рукою, Ляпунов посмотрел на грамоту и сказал: «Рука похожа на мою, только я не писал». Начался спор и кончился тем, что Ляпунов лежал мертвый под козацкими саблями; с ним вместе убили Ивана Никитича Ржевского: Ржевский был Ляпунову большой недруг, но тут, видя его правду, за него стал и умер с ним вместе. По некоторым известиям, Ржевский говорил козакам: «За посмех вы Прокофья убили, Прокофьевой вины нет».
Со смертию Ляпунова дворяне и дети боярские остались без вождя, во власти козацких предводителей. Летописец рассказывает, что вскоре по смерти Ляпунова принесен был в стан из Казани список с иконы казанской богородицы; духовенство и все служилые люди пошли пешком навстречу иконе, а Заруцкий с козаками выехали верхом. Козакам не понравилось, зачем служилые люди захотели отличиться перед ними благочестием, и начали ругать их. Летописец прибавляет, что дворяне и стольники искали себе смерти от насилия и позора, многие из них были побиты, многие изувечены; другие разъехались по городам своим и по домам, боясь убийства от Заруцкого и козаков. Нашлись из них и такие, которые купили у Заруцкого воеводства и разные должности и отправились по городам наверстывать заплаченные деньги; остались под Москвою большею частию те, которые привыкли жить вместе с козаками в Тушине и Калуге. Стан наполнялся также москвичами, торговыми, промышленными и всякими черными людьми, которые кормились тем, что держали всякие съестные харчи; в стане же были приказы, сидели в них дьяки и подьячие, с городов и волостей на козаков кормы сбирали и под Москву привозили, но козаки от воровства своего не отстали, ездили по дорогам станицами, грабили и побивали.