С таким подарком Скоропадский отправился домой. В июле в отсутствие государя Сенат был встревожен известием, что гетман 3-го числа умер. Немедленно приговорили: Малую Россию до избрания другого гетмана ведать и всем управлять полковнику черниговскому Полуботку вместе с генеральною старшиною, только во всех делах и советах и посылках универсалов иметь сношение с бригадиром Вельяминовым и о том послать им грамоту. К бригадиру Вельяминову послать указ с нарочным курьером, написать, чтоб ехал в Глухов как можно скорее по почте и, приехавши туда, смотрел накрепко, чтоб при этой ваканции как в старшине, так и в прочих не было никаких противностей и народ к тому побуждаем не был; смотреть, чтоб без его ведома никаких универсалов и писем о делах не посылали, о том проведывать ему тайно. К генералу князю Трубецкому, киевскому губернатору, послать указ, чтоб ехал как можно скорее по почте в Киев, смотрел и проведывал тайно, чтоб заграничных и внутренних никаких тайных пересылок и факций не было и не произошло бы смятений, особенно чтоб не было пересылок от запорожцев, Орлика, от прочих изменников и из Крыму, чтоб не только старые заставы хорошо содержаны, но и новые прибавлены были. О том же послать указ и к командующему войсками генералу Вейсбаху. В Сенате беспокоились, не полагаясь на Полуботка; обер-прокурор Скорняков-Писарев писал Макарову: «Изволишь старание приложить, чтоб кого в Малороссию его величество приказал отправить для правления гетманского из знатных, понеже от Полуботка правлению надлежащему быть я не надеюсь, ибо он совести худой». Между тем двое знатных войсковых товарищей отправились к Петру в Астрахань с просьбою о позволении избрать нового гетмана; сенаторы написали к находившемуся при императоре графу Петру Андреевичу Толстому, что они, с общего совета, отпустили малороссийских посланцев в Астрахань, ибо, не отпустивши их, можно возбудить сомнение относительно исполнения просьбы; астраханскому губернатору писано, чтоб задержал их в Астрахани, и если государь прикажет отпустить их назад, то не прикажет ли объявить им, что дело о избрании нового гетмана отлагает до своего возвращения из похода. «И таким образом, — писали сенаторы, — никакого сомнения им не будет, и может то тако до воли его императорского величества остаться. А что мы бригадиру Вельяминову обще с старшиною подписываться не велели и то учинили для того, чтоб сначала сею новостию их не потревожить, и о том просим указу». Согласно с мнением сенаторов, Петр отвечал, что прошение малороссиян исполнится, когда он возвратится из похода. Но до этого возвращения две власти, стоявшие друг подле друга в Малороссии, успели перессориться. В октябре Полуботок с товарищами прислал в Сенат жалобу на Малороссийскую коллегию, которая мимо старшины, не сносясь и не советуясь с нею, посылает полковникам указы, требуя известий, сколько в котором полку маетностей, мельниц и других угодий; назначено также послать в полки десять офицеров Глуховского гарнизона — неизвестно зачем. Из войсковой канцелярии коллегия требует выписок, универсалов, розысков, купчих и других документов по делам тех челобитчиков, которые приходят с жалобами в коллегию, чего войсковая канцелярия давать не может, потому что такого обыкновения в ней никогда не бывало и канцеляристов немного. Коллегия для сборных денег требует особливых еще счетчиков, чего нет в монаршей инструкции. Коллегия о самых малых делах присылает указы старшине именем его императорского величества, требует ответов и исполнения, чего они исполнять не могут при вседневных трудностях в управлении дел малороссийских. Вельяминов с своей стороны жаловался, что старшина плохо исполняет императорские указы и словесно объявляет, что они не в команде Малороссийской коллегии. Старшины прислали жалобу на имя императора: «Ваше величество указали в Малороссии быть коллегии для высшей апелляции, а Малороссийская коллегия принимает на свой суд такие дела, которые в полковых и генеральных судах наших не бывали, и посылает солдат за обжалованными знатными людьми и старшиною и решает дела по своему усмотрению, вследствие чего судьи наши скоро останутся без дела. Нас велено изъять из ведения Иностранной коллегии и подчинить Сенату; а Малороссийская коллегия указы вашего величества ежедневно к нам присылает, приказывает всякий день исполнять и подавать себе обо всем доношения, как своим подчиненным».
Сенат, рассмотрев все эти жалобы, постановил: по частным делам Вельяминову ведомостей и копий из канцелярии не требовать, а когда у старшины будут советы о важных делах, то в них участвовать одному Вельяминову и брать с сентенций и универсалов копии, а коллегии в те дела не метаться. Коллегии принимать дела только по апелляции. Указов старшине не посылать, а сноситься промемориями с учтивостью, а с угрозами отнюдь не писать; если же окажут сопротивление, то писать об этом в Сенат. С требованиями известий о маетностях, мельницах и прочем к полковникам не посылать иначе как с совета старшины.