Петр простил Феодосия, но тот скоро забыл беду. Когда после коронации Екатерины рассуждали, как поминать ее на ектениях, Феодосий сказал: «Какова та молитва будет, что по указу молиться». Но скоро пришла другая беда: на Феодосия подан был донос в расхищениях: в 706 году Новгородской епархии архиерейские и монастырские вотчины взяты были в ведение в новгородскую приказную палату, а архиерею и в монастыри велено давать указное; но в 707 году по прошению митрополита Иова и властей его епархии теми вотчинами велено им владеть по-прежнему, за что платишь каждый год по 11000 рублей; они же, Иов и власти, обещали скот и хлеб, что у них за расходами будет оставаться, отдавать в государеву казну; но этих денег епархия не платила. Кроме того, подан был донос на судью новгородского архиерейского дома Андроника в денежном и хлебном похищении и во взятках. Петр велел Толстому исследовать дело, но умер. У Феодосия спала гора с плеч. Страшного Петра не было более; на его престоле сидела женщина, боявшаяся, что непрочна на престоле, боявшаяся приверженцев великого князя. Феодосий разнуздался, не скрывал своей радости, что Петра нет более, и все резче и резче высказывался против новых порядков, против унижения духовной власти перед светскою. 12 апреля Феодосий в карете подъехал к мосту, который находился перед домом императрицы; часовой остановил лошадей, объявив, что не велено пропускать в экипажах далее моста. Феодосий вышел из кареты в страшном гневе, махал тростью и говорил: «Я сам лучше светлейшего князя». То же повторяли за ним и служки его, браня часового дураком. Вошедши в переднюю, он обратился к дежурному офицеру: «Зачем меня не пускают; мне при его величестве везде бывал свободный вход; вы боитесь только палки, которая вас бьет, а наши палки больше других; шелудивые овцы не знают, кого не пускают». Дело осталось без последствий. 20 апреля приехал к Феодосию камер-юнкер сказать ему именем императрицы, что на другой день должна быть в Петропавловском соборе панихида по усопшем государе. «Мы готовы, — отвечал Феодосий и стал жаловаться на свою обиду. — Я и впредь опасаюсь ездить ко двору ее величества, чтоб и впредь также не обругали часовые, разве пришлют да неволею велят взять». «Если вам такая обида, то надобно просить милости государыни императрицы», — сказал камер-юнкер. «Так же было и при императоре, — отвечал Феодосий, — не пропустили меня в Адмиралтейство, и за то я не получил никакой сатисфакции, хотя и просил; а теперь я и искать не хочу». На другой день после панихиды обер-гофмейстер Олсуфьев подошел к Феодосию с приглашением к императорскому столу. «Мне быть в доме ее величества не можно, понеже я обесчещен», — отвечал Феодосий. Обер-гофмейстер два раза повторял приглашение; Феодосий отвечал: «Разве изволит прислать нарочного, чтоб проводили». Нарочного не прислали, и Феодосий не был на обеде.
На другой день, 22 апреля, явился во дворец Феофан Прокопович и от имени других синодальных членов донес императрице, что Феодосий часто говорил непристойные слова. Вследствие этого донесения 25 числа в доме канцлера графа Головкина собрались генерал-адмирал граф Апраксин и граф Толстой, к которым явились два архимандрита из синодальных членов и подали письменный донос о непристойных словах Феодосия. Он говорил про императрицу: «Будет трусить, мало только подождать». После сам Феодосий так объяснял эти слова: «Был разговор со псковским (Феофаном Прокоповичем) о трактаменте сенаторов в доме ее величества на святой неделе, а синодских членов на том трактаменте не было, и те речи говорил от глупости, а не от злобы, что станет трусить в такой силе, что ныне задабривают сенаторов, чтоб добре дела управляли, а, сохрани бог, когда в них какое несогласие к добру общему будет, тогда духовных станут задабривать, чтоб увещевали к согласию добра общего. А что мало только подождать — говорил от слов, которые слышал, что будто цесарь намерен тайно прислать в Россию с деньгами, которыми бы склонять здешних министров в свою партию».