В Петербурге готовили Волынскому новую неприятность. 15 декабря 1725 года в доме императрицы собрался Тайный совет по иностранным делам; присутствовали Меншиков, Апраксин, Головкин, Толстой, Остерман, Ягужинский. Читали последние донесения Волынского о приближении киргиз-кайсаков и каракалпаков к Яику и о намерении их ударить на калмыков. Тут генерал-прокурор Ягужинский донес о мнении Сената, чтоб Волынскому быть у одного дела: или у калмыцкого и жить в Саратове, или управлять Казанскою губерниею, а вместо него к калмыцкому делу назначить другого, которого подчинить генерал-фельдмаршалу князю Михайле Михайловичу Голицыну, причем Голицын должен иметь главную квартиру в Рыбном и командовать над всеми войсками по Волге и Дону, кроме Астрахани и крепости Св. Креста. По долгом рассуждении императрица изволила определить: Волынскому оставаться и губернатором казанским, и у калмыцких дел, и так как он для последних должен быть в частой отлучке, то придать ему в товарищи вице-губернатора для управления губернскими делами во время его отсутствия; но по калмыцким делам Волынский должен быть подчинен фельдмаршалу князю Голицыну, который должен иметь главную квартиру в Рыбном и командовать войсками по Волге и Дону согласно с мнением Сената.
Защитив таким образом Волынского, оставив при нем обе важные должности, хотя и с подчинением Голицыну по калмыцким делам, императрица на его жалобные письма и просьбы о позволении приехать в Петербург отвечала в марте: «Господин губернатор! письма твои все до нас доходят, из которых мы усмотрели, что в немалом ты сумнении находишься о том, якобы мы имеем на тебя гнев свой; и то тебе мнение пришло в голову напрасно, и хотя прежде по письмам Еропкина отчасти имели некоторое сумнение, однакож потом в скором времени чрез письма свои ты выправился, и остался в том помянутый Еропкин, что неправо о том он доносил, а вашими поступками в положенных на вас делах мы довольны. Что же представляешь свои нужды и просишься для того, также и для доношения о некоторых тамошних важных делах ко двору нашему: и ныне тебе ко двору быть невозможно затем, что писал к нам недавно генерал-фельдмаршал князь Голицын, что Черен-Дундук согласился с кубанцами и ищут чинить нападение на донских Козаков и на Петра Тайшина, и для того надлежит вам подлинно о том проведовать и до того не допускать; а потом, також и по осмотрении нужных дел в Казанской губернии в июне-месяце приезжайте к нам в Петербург».
Несмотря на это утешительное письмо, дело о Мещерском продолжалось. 30 апреля Волынский писал опять Екатерине: «По присланному из Военной коллегии указу поведено генерал-лейтенанту Чекину судить меня военным судом за Мещерского, который был у генерал-лейтенанта Матюшкина в дураках. И понеже хотя Адмиралтейская коллегия и показала надо мною такую немилость, какой еще образ, как началося регулярное войско в государстве, ни над кем не бывало, чтоб кто из штаб-офицеров был сужен с унтер-офицером, и паче что с публичным дураком; однако по всем военным артикулам вины моей не сыщется, ежели меня будут судить правильно, но останется в том генерал-лейтенант Матюшкин: первое, что он держал у себя унтер-офицера в дураках и попускал его не токмо ругать, но и бить офицеров; второе, что оной Мещерской бранил меня в доме его при нем и говорил, что мне, и жене моей, и дочери виселицы не миновать, в чем он не токмо ему (не) воспретил, но еще тому и смеялся и мне никакой сатисфакции не учинил».
То, чего не мог сделать Сенат относительно Волынского, то сделал Верховный тайный совет: осенью 1726 года калмыцкие дела были взяты у Волынского. Верховный тайный совет донес императрице, что он требовал на его место кандидатов из Военной коллегии, которая представила генерал-майоров Шереметева и Кропотова; Екатерина ответила, что Шереметев и Кропотов у калмыцких дел быть не способны и Кропотов к тому же болен.