Новобрачные Генрих Наваррский и его жена спали в королевском дворце; все их слуги были протестантами. Многие из них убиты в своих кроватях, другие бежали через коридоры или же комнаты дворца, пытаясь спастись, некоторые ворвались даже в переднюю короля. Молодая жена Генриха, боясь за своего мужа и себя, вскочила со своей кровати, чтобы бежать в спальню короля и у ног своего брата просить защиты. Но когда она открыла дверь своей спальни, несколько из ее слуг-протестантов вбежали в комнату, чтобы спастись. Солдаты ворвались в комнату, оттолкнув ее, и убили одного, спрятавшегося под кроватью. Двое других были ранены алебардами и упали у ее ног, покрыв их своей кровью.
Граф дела Рошфуко, молодой дворянин, снискавший благоволение короля, с которым тот радостно общался и шутил, провел приятный вечер с королем и его придворными до одиннадцати часов. Король испытывал некоторые угрызения совести о Рошфуко, потому что тот был протестантом и два или три раза говорил ему, чтобы тот не шел домой, но провел ночь в Лувре, где, он знал, тот не будет найден Но граф сказал, что должен идти домой к своей жене, поэтому король перестал убеждать его и сказал тихо своим придворным: "Пусть идет. Я вижу, что Бог предназначил ему умереть". Два часа спустя граф и его жена были убиты.
Множество бедных жертв бежало на берег реки, чтобы скрыться, а некоторые поплыли через реку в пригород Св. Германика [или Гермейна]. Из своей спальни в королевском дворце король мог видеть реку и плывущих по ней, пытающихся спастись. Один из его слуг приготовил ружье для него, и король убил нескольких в реке. Королева-мать была спокойна во время резни, часто выглядывала со своего балкона, выкрикивала ободрения убийцам и смеялась над смертными стонами их жертв.
Через несколько дней после произошедших ужасов в Париже французский парламент попытался представить бойню менее серьезной и оправдать ее, обвинив адмирала Колиньи в тайных замыслах против короля, чему никто не верил. Затем они решили осквернить его память, подвесив его тело на цепях в публичном месте. Сам король отправился посмотреть на это шокирующее представление. Когда один из его придворных посоветовал ему удалиться, жалуясь на трупное зловоние, король ответил: "У мертвого врага хороший запах". Бойня в день Святого Варфоломея изображена в королевском выставочном зале в Ватикане в Риме с надписью "Pontifex, Coligny песет probat", что значит: "Папа одобряет смерть Колиньи".