Эдвард Раусон, секретарь
Все изгнанные квакеры оставили Бостон, но Робинсон и Стивенсон отправились в Салем, который также находился в подведомственной области колонии Массачусетс Бей, чтобы навестить и ободрить своих друзей по вере. Вскоре после этого их арестовали и заключили в темницу в Бостоне, ноги приковали к стене. Услышав, что они и другие квакеры в темнице, Мери Даер возвратилась навестить их. Когда она стояла возле темницы и разговаривала с квакером по имени Кристофор Холден, который спрашивал у нее о корабле, направляющемся в Англию, куда он собирался вернуться, ее узнали и взяли под стражу.
Нарушив свое изгнание, Робинсон, Стивенсон и Даер в соответствии с законом, согласно которому они были изгнаны, должны были поплатиться своей жизнью. 20 октября 1659 года они и еще несколько других квакеров были приведены к Джону Эдикоту, который тогда был правителем колонии Массачусетс Бей. Эндикот спросил их, почему они вернулись в его подведомственную область после своего изгнания. Они ответили, что вернулись в послушании Господу, Который сказал им поступить таким образом, так как закон, согласно которому они были изгнаны, был несправедлив. Эндикот приказал тюремщику снять с мужчин шляпы, а затем сказал, что они издали несколько законов, чтобы удержать квакеров подальше от колонии, но даже наказание поркой, заключение, обрезание ушей и изгнание не могли удержать их. Он сказал, что это не его желание и не их собственное, чтобы они были приговорены к смерти. Но он последует установленному и сказал Уильяму Робинсону, Мармадюку Стивенсону и Мери Даер: "Подставь ухо и выслушай свой приговор к смерти. Вы отправитесь отсюда в то место, откуда вы прибыли (темница), а оттуда на место казни, где вы будете повешены, где вы примете смерть". Мери Даер ответила так же, как и все остальные: "Да исполнится Господня воля". Несколько других квакеров в суде были заключены в темницу, выпороты и оштрафованы.
Так как это была первая казнь квакеров за их веру и первый раз вешали женщину, поднялся протест, чтобы предотвратить казнь Мери Даер и двух других мужчин, но дата тройной казни через повешение была назначена на 27 октября 1659 года. Как и тысячи мучеников до нее, Мери благодарила Господа, что Он нашел ее достойной пострадать за Его имя.
Когда она была в темнице, ее муж Уильям написал письмо из Род-Айленд правителю Эндикоту, в котором умолял его проявить милосердие по отношению к его дорогой жене, и один из ее сыновей сделал личное обращение к правителю в ее защиту. Но эти попытки привели лишь к тому, что ей дали отсрочку в исполнении приговора лишь за одну минуту до ее казни.
В день казни они привели Мери, Уильяма и Мармадюка в Бостон Коммон, чтобы повесить их там на большом дубе. Мери связали руки и ноги, а также привязали ее длинную юбку к лодыжкам. Ее поместили на лестницу и накинули на шею петлю. Рядом с ней было двое мужчин. В последний момент от губернатора пришло разрешение на отсрочку казни, и ее развязали и спустили с лестницы. Лестницы под Уильямом Робинсоном и Мармадюком Стивенсоном были забраны, и они повисли с петлями на шее.
Мери сказали, что она может быть освобождена от наказания, если пообещает больше не проповедовать квакерские доктрины, но она отказалась и написала письмо к Генеральному собору, в котором выразила свой отказ. Она была снова изгнана из колонии Массачусетс Бей и возвратилась в свой дом на Род-Айленде. Она оставалась там совсем непродолжительное время и вскоре отправилась на Лонг Айленд, куда поехала Анна Хатчинсон. Там узнала намного больше о преследовании квакеров в колонии Массачусетс Бей и приняла решение сражаться с несправедливыми законами, даже если это значило, что ей придется отдать жизнь, чтобы победить.