В 1544 г. у Вишарта появилось желание проповедовать истинное Евангелие на своей родине, и он оставил Кембридж и отправился в Шотландию. Вначале он проповедовал в Монтроузе, а позже - в Данди, на северном берегу Фирсов-Тей. Вишарт объяснял значение Послания апостола Павла к римлянам об оправдании верой, которое было заново открыто Мартином Лютером тридцать лет назад, и объяснял настолько понятно и свободно, что паписты были очень встревожены.
Следующие два года Вишарт путешествовал по всей Шотландии, несколько раз подвергая свою жизнь опасности со стороны римского духовенства, пытавшеюся заставить его замолчать. Однажды, когда Вишарт находился в западной Шотландии, он услышал о вспышке чумы в Данди и немедленно поспешил туда, чтобы послужить больным телам и душам. Конечно же, он был принят с радостью.
До возвращения Вишарта из Данди в Монтроуз архиепископ и кардинал Шотландии убедил одною папского священника по имени Джон Веитон убить ею. История утверждает, что Веитон спрятал кинжал под рясой и ожидал у ступеней к кафедре, когда Вишарт спустится вниз после проповеди об исцелении души и тела. Вишарт, однако, увидел ожидающего его священника, одна рука которого была спрятана под рясой, и спросил его: "Мой друг, чего ты хочешь?",- быстро вырвал у него кинжал как раз в то время, когда тот пытался вытащить его из своей рясы. Испуганный священник упал на колени, рассказал о своем намерении и начал умолять Вишарта о прощении. Некоторые больные чумой, сидящие за специальным ограждением, которое отделяло их от здоровых, видя и слыша происходящее, потребовали, чтобы предателя отправили к ним. В гневе они сломали ограждение, чтобы схватить священника, но Вишарт обнял его и сказал: "Кто ударит его, ударит меня, ибо он не нанес мне ущерба, но преподал добрый урок - быть в будущем более осторожным". Так он успокоил людей и спас жизнь нечестивого священника, пытавшегося его убить.
Вскоре после возвращения Вишарта в Монтроуз кардинал Витон отправил ему поддельное письмо будто бы от его друга, известного владельца Кеннейрских земель и поместья, который просил Вишарта немедленно приехать, потому что он болен и при смерти. Вдоль дороги в поместье на расстоянии полутора миль от Монтроуза Битон устроил засаду из шестидесяти вооруженных человек, чтобы убить Вишарта. Но когда Вишарт и несколько ею спутников были уже недалеко от этого места, Вишарту пришла в голову неожиданная мысль, что здесь что-то не так и ему нельзя продолжать свое путешествие. Спутникам он сказал: "Бог запрещает мне ехать дальше. Впереди нас ждет ловушка Пусть кто-то из вас осторожно поедете вперед и сообщит мне, что он обнаружит". Когда посланные обнаружили засаду, устроенную кардиналом, они быстро возвратились назад к Вишаргу и рассказали ему об этом. Вишарт сказал: "Я знаю, что моя жизнь завершится в обагренных кровью руках этого человека, но это будет не ловушка".
Вскоре в 1546 г. кардиналу Битону сообщили, что Вишарг находится у мистера Кокбурна Ормистона в Ист-Лотиане на юге Швейцарии, и он попросил правшеля этого региона арестовать Вишарта, что тот и исполнил, хотя это было против его воли. Затем Вишарта отправили в Эдинбург и заключили в замок Св. Андрея. Оттуда на следующее утро он был вызван, чтобы предстать перед кардиналом и собором епископов за преподавание еретических доктрин и подстрекательство к мятежу. Этим утром сто служителей кардинала были одеты в военные доспехи, как если бы они готовились сражаться, а не сопровождать человека, обвиненного в проповеди истинного Слова Божия. От замка Св. Андрея они провели Джорджа Вишарта к Аббатской церкви, боясь при этом, чтобы люди, которые восхищаются и любят Вишарта, не попытались отбить его и чтобы он не убежал, но он смиренно шел к монастырской церкви. У двери он на короткое мгновенье остановился, чтобы отдать свой кошелек с деньгами лежащему на ступенях человеку.
Когда Вишарт вошел в церковь и стал перед кардиналом, помощник настоятеля аббатства по имени Дейн Джон Вингим подошел к кафедре и произнес проповедь о ереси. Когда он закончил, располневший от чревоугодия священник Джон Ландер зачитал Вишарту обвинение в ереси, состоящее из восемнадцати пунктов. В обвинениях звучали проклятия, богохульство и угрозы, и по мере чтения Ландер пришел в такую ярость, что пот покрыл его лицо и изо рта пошла пена. Закончив, он закричал на Вишарта: "Что скажешь ты на эти обвинения, отступник, предатель и вор?! У нас есть достаточно свидетельств, чтобы доказать это!"
Вишарт вначале преклонил колени и помолился, а затем мягко и, подражая Христу, сказал: "Единственная правда здесь в том, что вы, судящие меня, должны услышать мои слова и мои доктрины, которым я учил, чтобы я, будучи приговорен несправедливо, не умер, подвергая тем самым большой опасности ваши души. Итак, для славы и чести Бога, для вашего бытия и для защиты моей жизни, я искренне прошу вас, судей, выслушать меня, и я изложу вам мои доктрины, не изменяя их".