Хотя ею слова опечалили шфифа и бывших с ним, они все же собрались перевести его в общую темницу. Но и вардейцы начали просить за него, говоря, что он так тихо, терпеливо и смиренно ведет себя, что даже ребенок мог бы его охранять и что они сами будут смотреть за ним, лишь бы не отправлять его в общую темницу.
Итак, было решено оставить его в доме Роберта Инграма, и шерифы, сержанты и другие сторожили его всю ночь. Хупер попросил разрешения лечь в постель очень рано, так как ему нужно было подумать о многих вещах, потому он лег в пять часов вечера и спал, громко храпя, до поздней ночи, после чего встал и до утра молился. Когда он поднялся ранним утром, просил, чтобы никто не входил в его комнату, чтобы он мог побыть один до времени своей казни.
Около восьми часов 9 февраля 1555 года сэр Джон Бриджес и лорд Чандос со многими людьми - сэром Энтони Кингстоном, сэром Эдмундом Бриджесом и другими участниками процесса, назначенными смотреть за казнью, вошли в дом. В 9 часов господину Хуперу сказали, чтобы он подготовился, потому что пришло время, и его сразу же вывели из комнаты шерифы, держа в руках дубинки и другое оружие. Когда Хупер увидел множество оружия, он сказал шерифам: "Господа шерифы, я не предатель и нет нужды совершать так много действий, чтобы привести меня на место, где я должен пострадать. Если бы вы сказали мне, то я бы сам пришел на место казни и не тревожил бы всех вас".
В Глостере в это время был базарный день и около семи тысяч человек собрались, чтобы посмотреть, как Хупер будет вести себя перед смертью. Он шел между двух шерифов, как агнец к месту заклания, в мантии, принадлежащей хозяину дома, его шляпе на голове и с тростью, на которую он опирался из-за проблем с седалищным нервом, которые возникли у него в результате долгого пребывания в темнице, из-за чего он иногда спотыкался. Он бодро улыбался всем своим знакомым, и многие потом сказали, что они никогда прежде не видели его таким бодрым и так здорово выглядевшим.
Когда они подошли к месту казни, Хупер сразу же преклонил свои колени в молитве, так как ему не позволили обратиться к народу. Когда он молился, принесли сундук и поставили на стул, этот сундук был знаком милости и прощения от королевы, если он отречется от своих взглядов и учения. Когда он увидел его, то закричал: "Если вы любите мою душу, уберите его! Если вы любите мою душу, уберите его!"
Когда он закончил молитву, подошел к столбу, снял мантию и передал ее шерифу, прося его вернуть ее владельцу. Он также снял остальную верхнюю одежду, за исключением жакета и штанов, чтобы сгореть в оставшейся одежде. Но шерифы из-за своей жадности не позволили ему остаться в ней, и Хупер послушно снял свой жакет, чулки и другую одежду, оставшись только в нижней рубашке. Гвардейцы дали ему три мешочка с порохом, он взял назад свой чулок и связал им свою сорочку между ног, привязав при этом один из мешочков с порохом, а остальные два положил себе подмышки.
Хупер попросил народ помолиться Господней молитвой вместе с ним и молиться также за него, что они и исполнили с великим плачем, видя его страдания. Он подошел к столбу и его приковали железным обручем к нему, чтобы он держал его, когда будет гореть. Ему предложили приковать такими же обручами его шею и ноги, но он отказался.
Через несколько минут к нему подошел человек, ответственный за поджигание огня, и попросил прощения. Хупер спросил его, почему он должен простить его, ведь тот не нанес ему никакой обиды. "О сэр,- сказал, рыдая, тот человек,- меня назначили поджечь огонь!" Господин Хупер ответил: "Этим ты нисколько не обижаешь меня. Бог простит тебе твои грехи, иди, исполняй свою работу, а я помолюсь о тебе".
Его обложили сухой соломой для розжига костра, он взял две вязки соломы, поцеловал их и поместил каждую под свою руку под мешочек с порохом. Затем рукой указывал, где он хотел, чтобы положили солому вокруг него, а сверху чтобы "обложили хворостом; также указывал, где не хватало хвороста или соломы. Когда же он остался удовлетворен тем, как разложили хворост, тогда зажгли огонь.
Из-за сырых дров прошло много времени, пока огонь наконец-то перебросился с соломы на хворост. В конце концов, пламя вспыхнуло, но это было мрачное холодное утро, и сильный ветер сбивал пламя с Хупера, поэтому оно так и не прикоснулось к нему. Вскоре принесли сухого хвороста, так как больше уже не было соломы, и зажгли огонь. Но пламя только слегка опалило хворост в самом низу и не могло подняться из-за вегра, поэтому оно только обожгло волосы Хупера и вздулась его кожа. В это время Хупер молился спокойно и тихо, как будто не чувствуя боли: "О Иисус, Сын Давидов, будь милостив ко мне и прими мою душу".
Когда огонь, пожравший сухой хворост, снова погас, так и не зажегши сырой хворост, Хупер потер руками глаза и сказал громким неизмененным голосом: "Ради Божьей любви, добрые люди, разожги ее для меня большое пламя!" В это время горела нижняя часть его тела, так как было совсем немного сухого хвороста, который слабо горел и не мог достичь верхней части тела.