Искать историческое зерно первоначального христианства, как и личности Иисуса, следует, по Бауэру, в синоптических евангелиях. Он взялся за их исследование и в начале 40-х годов издал трехтомный труд под заглавием "Критика евангельской истории синоптиков".
За несколько лет до появления работ Бауэра были опубликованы две работы по истории евангелий, которые толкнули Бауэра на новый путь. Это были книги немецких богословов Вейсе ("Евангельская история") и Вильке ("Первоевангелист"), в которых первым из евангелий признавалось евангелие не Матфея, а Марка. Вейсе и Вильке доказывали это чисто лингвистическим путем - кропотливым изучением языка, которым написаны евангелия. Бауэр же привлек исторические данные. В дальнейшем вывод о том, что евангелие Марка является по времени первым из синоптических евангелий, стал общепризнанным; подавляющее большинство исследователей стоит теперь на этой точке зрения.
Если евангелие Марка появилось первым из синоптических евангелий, то, значит, те его тексты, которые потом повторяются в евангелиях Матфея и Луки, были просто переписаны из евангелия Марка. Но ведь, помимо этих текстов, последние два евангелия содержат много таких повествований, которых нет в первом. Следовательно, они были позже прибавлены к первоначальному преданию. Откуда они взялись? Их выдумали авторы евангелий. А поскольку это было возможно для евангелий Матфея и Луки, рассуждал Бауэр, почему этого нельзя предположить и в отношении евангелия Марка?
Предположение о том, что евангелия создали отдельные люди, вытекало у Бауэра из его общих философско-исторических взглядов, которые заключались в том, что главную роль в истории играет "самосознание" отдельной личности, бросающей в массы свои идеи и ведущей за собой массу. Эта точка зрения была противопоставлена взгляду Штрауса. Не само собой, утверждал Бауэр, не постепенно, как считал Штраус, в широких массах возникали и созревали евангельские мифы; их придумывали сами авторы евангелий для того, чтобы объяснить и обосновать те или иные положения христианского вероучения.
Были ли, однако, евангельские рассказы хоть в какой-нибудь мере основаны на исторических фактах? Существовал ли сам Иисус, происходили ли какие-нибудь связанные с этой личностью события, которые могли быть потом раздуты и расцвечены фантазией евангелистов? На этот вопрос Бауэр не давал определенного ответа. В первых двух томах своего сочинения он допускал историческое существование Иисуса, хотя довольно нерешительно, а в третьем томе он отверг его. Мы знаем об Иисусе, говорит Бауэр, только то, что рассказывается о нем в евангелиях. А евангелия оказываются продуктом вымысла, художественными произведениями, созданными с определенными религиозно-назидательными целями. И хотя синоптики дают больше фактов и более определенно освещают их, чем евангелие Иоанна, но в одном отношении между ними разницы нет: это художественные, а не исторические произведения, не хроники, не летописи, в которых записываются происходящие на памяти людей действительные события.
Не менее обстоятельному разбору подверг Бауэр в других своих произведениях Деяния и Послания. Что касается посланий, то автором их Бауэр считал многих людей. Был ли среди этих авторов сам апостол Павел, которому церковь приписывает большинство посланий? Бауэр в этом сомневается, он не уверен, что хоть одно из этих посланий написано Павлом. Все они, как установил Бауэр на основании детального анализа, написаны не раньше II века, а имя Павла им дали авторы, чтобы придать посланиям особую авторитетность. В Деяниях Бауэр, как и его предшественник Баур, глава Тюбингенской школы, видел произведение, специально сочиненное для примирения иудаистского начала в христианстве с греко-римским, или паулинистским.
В вопросе о роли иудаизма в возникновении христианстве, а значит и об отношении Нового Завета к Ветхому, Бауэр выдвинул новую точку зрения. Он заявил, что не иудаизм сыграл основную роль в возникновении христианства и не евреи составляли основное ядро первоначальных христианских общин. По мнению Бауэра, христианство явилось продуктом греко-римского мира. Оно возникло не в Палестине, как учит этому церковь, а в Риме и в Александрии - двух основных культурных центрах того времени. Помимо Филона, о влиянии которого на возникновение христианских представлений мы выше уже говорили, Бауэр придавал особое значение влияние римского философа Сенеки. Анализируя послания, он находил в них многочисленные следы непосредственного заимствования у этого автора. Правда, близкое сходство посланий с сочинениями Сенеки было уже давно замечено как историками, так и богословами. Энгельс отмечает, что церковники пытались истолковать этот факт как результат заимствования Сенекой своей философии у авторов посланий. Но Сенека жил и писал за ряд десятилетий до того, как появились послания. Ясно, что заимствование могло здесь быть только в одном направлении - от Сенеки к авторам посланий.