В 1570 году решение Тридентского собора (при папе Пие V) обновило порядок богослужения. Среди прочих пунктов повестки был и тот, который коснулся музыки: с этого момента литургия с пением и без стала разной. В мессе с пением хор певчих пел молитвы, пока священник в алтаре читал другие (тайные), заглушаемые хором, — а также было разрешено органное сопровождение.
Традиция заменять некоторые стихи молитв органной импровизацией существовала в церкви еще с конца Средневековья (пока звучал орган, молитвы читались певчими про себя). В эпоху барокко эти вставки объединялись в целые сюиты — «органные мессы».
Для композиторов церковный стиль долгое время означал старую строгую полифонию, но в мессу проникали новшества. Месса в старом, ренессансном стиле —
Франция XVII века была консервативна — войны между католиками и протестантами, которые закончились только к 1628 году, подталкивали к соблюдению правил как можно строже. А вот в Германии под итальянским влиянием многие композиторы вовсю использовали экспрессию нового стиля: диссонансы, хроматизмы, контрасты, соединение инструментов, особенно духовых (трубы и корнеты), и голосов, вступающих в диалоги в мессах Керля и Бибера.
В XVIII веке неаполитанская школа в мессе, так же как в опере, становится законодательницей стилей — ученики неаполитанских консерваторий, как правило, изучают прежде всего церковную музыку, хотя потом многие уходят в оперный жанр и путешествуют за границу — так Неаполь довольно быстро сделал чуть ли не всю церковную музыку Европы неаполитанской. Самый распространенный стиль — «смешанный»: рядом с хорами в стиле
В немецких землях с почтением принимаются полифонические хоры с современной гармонией. Величайшая же из немецких католических месс — Месса си минор — написана северонемецким протестантом Иоганном Себастьяном Бахом. Тем временем в самой католической Австрии и на юге Германии (Антонио Лотти и Иоганн Хассе в Дрездене, Иоганн Йозеф Фукс в Вене) писали в итальянской манере — и, разумеется, параллельно работали в опере.