Царь не отвечал ничего. Когда все успокоились, стали опять читать грамоту Никона к патриархам; читали жалобу его на поставление духовных по государеву указу, на тяжелые сборы с церквей и монастырей; царь объяснил дело. «Как прежде бывало во время междупатриаршества, — сказал он, — так делается и теперь насчет поставления духовных лиц: возводят в степени архиереи собором. Если что из патриаршей казны взято, то взято взаймы; с архиереев и монастырей брались даточные люди, деньги и хлеб по прежнему обычаю; а он, Никон-патриарх, на строение Нового Воскресенского монастыря брал из домовой казны большие деньги, которые взяты были с архиереев и монастырей вместо даточных людей; да он же брал с архиереев и монастырей многие подводы самовольством». Никон отвечал, что ничего никогда не брал. Когда прочли место о Мефодии Мстиславском, то царь сказал: «Епископ Мефодий послан в Киев не митрополитом, а блюстителем, и об этом писал я к константинопольскому патриарху». Относительно поведения Питирима отвечал сам обвиненный: «В божественных службах в соборной церкви я стоял и сидел, где мне следует, а не на патриаршеском месте: в неделю ваий действовал по государеву указу, а не сам собою».
Между разными голосами, поднимавшимися против Никона на соборе, мы не слыхали голоса Паисия Лигарида. Он даже почел за полезное для себя уклониться от развязки дела, в котором так сильно участвовал прежде, и подал царю просьбу: «Я пришел сюда не для того, чтоб спорить с Никоном или судить его, но для облегчения моей епархии от долга, на ней тяготеющего. Я принял щедрую милостыню твою, которой половину украл вор Агафангел: предаю его вечному проклятию как нового Иуду! Прошу отпустить меня, пока не съедется в Москву весь собор; если столько натерпелся я прежде собора, то чего не натерплюсь после собора? довольно, всемилостивейший царь! довольно! не могу больше служить твоей святой палате; отпусти раба своего, отпусти! как вольный, незваный пришел я сюда, так пусть вольно мне будет и отъехать отсюда в свою митрополию». Паисия не отпустили из Москвы, но он счел нужным для себя молчать во время споров с Никоном.