Чтоб не было, однако, вперед подобных доносов, Лигарид обратился с просьбою о помощи к логофету константинопольской церкви Константину, писал, что враги оклеветали его, что осуждение произнесено неправильно. «Я не проводил жизни моей, — пишет Лигарид, — в сластолюбии, пьянстве и блуде; смолоду возлюбил я мудрость, с большими трудами и издержками прошел морской путь из любви к учению. Называют меня латиномысленным и еретиком, но я латинским повелениям не повинуюсь, общего у меня с латинами — одна наука, вместе с ними я был и есмь ревнитель древним философам афинским Ливанию и Ямвлиху, богу добрым служителям. Заступись за меня, преученый муж! Чтобы невежды не тщеславились и не превозносились; будь ходатай и помощник делом и словом». Логофет показал эту грамоту преемнику Нектария Досифею. Тот сильно рассердился на Лигарида, увидав резкие выражения его о своих врагах и гонителях, к которым принадлежал и Нектарий. Но явился царский посланный с просьбою — простить Лигарида и прислать ему разрешительную грамоту. Не исполнить просьбы было нельзя, разрешительную грамоту послали в Москву, и Досифей сорвал сердце, написавши только на Лигаридовой грамоте к логофету: «Если бы не было святого ходатайства царева, то узнал бы ты, кто мертводушен и беден, тот ли, кто 15 лет как оставил паству без пастыря, или тот, кто полагает душу свою за овцы? Исполнилась на тебе басня Эзопова: козел бранил волка с высокого места; ты сам по себе невелик и глуп, бесчеловечен и бесстыден, только место, где пребываешь, — двор царский. Уцеломудрись хоть теперь».
В конце 1672 года Лигарид собрался в Палестину, но, доехав до Киева, остановился здесь и долго жил, служа великому государю, донося о тамошних делах. Так, в 1675 году он писал к Матвееву: «По боге и царе в тебе имею заступника милостивейшего, помоги мне некиим даром вместо милостыни, умоли, чтобы мне позволили служить по-архиерейски. Собирают здесь много денег отовсюду, а кому и на что собирают — не знаю. Изволь об этом розыскать, о бодрейший Киева страж! Разузнай, на что митрополичьи доходы обращаются? Здесь носятся слухи, будто епископ Мефодий освобожден и киевским митрополитом поставлен. Стереги крепко и радей, чтобы этого не было, ибо великая будет смута между духовными и мирскими; до сих пор еще жив раздор и измена, учиненная недавно и бывшая причиною столь великого побоища. Вопиет и св. София, на починку которой взял 14000 рублей у царского величества, о других его своевольствах молчу».
Скоро после этого пришел в Киев царский указ, чтоб Лигарид немедленно возвратился в Москву. Он счел это опалою и, приехав в Москву, написал государю: «Воспевал пророк и царь Давыд в десятострунном своем псалме: не отврати лица твоего от отрока твоего, яко печалюся, скоро услыши мя; то же смею и я возгласить к тебе, единодержавцу-царю: не отврати светлейшего лица твоего от меня, яко погибну душою и телом: особенно печалюсь, потому что не знаю причины моего возвращения». В январе 1676 года Лигарид обратился к Матвееву с жалобами, что умирает от голода и жажды, что просьбы его на смех пересылают из приказа в приказ, что одолжал вследствие большого и трудного путешествия, что для службы церковной нет у него ни священника, ни диакона, ни певца, ни иподиакона: «Ты заботишься обо всем в богатейшем царстве: забыл только обо мне, архиерее». Об нем вспомнили и велели давать корм по-прежнему. Чем занимался Лигарид, видно отчасти из того, что он привез в Москву из Киева иеромонаха Виссариона, бывшего начальника школ киевских, «для пособия себе в тщаниях и службе царского величества».