Но исполнению этого предприятия помешала поездка Миллера в Сибирь. В 1733 году назначена была от Академии ученая экспедиция, известная под именем Камчатской, и Миллер был избран в число ее членов. После сам Миллер таким образом объяснял причины этой командировки своей: «Я так давно близко знаю г. Шумахера: он никогда не прощает, если сочтет себя оскорбленным. Его ненависть против меня началась с 1732 года, когда Сенат прислал указ профессорам рассмотреть академические штаты, составленные г. Шумахером. Я тогда думал, что долг мой требует присоединиться при этом рассмотрении к прочим профессорам, моим товарищам, и так как в проекте штатов нашлось много заслуживающего порицания, то и не колебался высказать мое истинное мнение, к чему меня обязывала и присяга верноподданного империи. Это привело г. Шумахера в негодование против меня. Для избежания его преследований я вынужден был отправиться в путешествие по Сибири, чему он один благоприятствовал, лишь бы удалить меня от тех, которые пользовались тогда моим пером».
Как бы то ни было, наука выиграла от этого бегства Миллера в Сибирь от преследований Шумахера. В течение десяти лет Миллер обозрел страну от Чердыни до Якутска и границ китайских, причем вел подробные путевые записки, собрал о городах и уездах их исторические, географические и статистические сведения; пересмотрел и привел в порядок архивы почти во всех важнейших городах, особенно в Чердыни, старом главном городе Перми, везде списывал замечательнейшие акты. Из этих списков составилось 50 фолиантов. Но мы обозрели только еще начало деятельности Миллера.
До сих пор мы видели труды только иностранных ученых, призванных в Петербургскую академию наук, но вот в приведенном выше реестре встречаем и русские имена: «