Коллети и Малиновский посажены были в Петербургскую крепость. По делу о пасквиле на Феофана привлечены были в Тайную канцелярию два монаха — Иосиф Решилов и Иоасаф Макеевский, находившиеся в сношениях с Феофилактом Лопатинским, державшиеся около него в надежде, что он будет патриархом. Теперь они оговорили Феофилакта, пересказали его разговоры с ними. Так, однажды в минуту досады он сказал: «Вот здесь житье: всего бойся. Когда б можно где укрыться или хоть в Польшу уехать, если б то можно было. Я бы рад был и этому». Феофилакт проговорился, что у него есть тысяча рублей свих денег, лежат у купца Корыхалова. «У меня они положены на свою нужду, — говорил он, — не дай бог какой на меня беды или сошлют в ссылку — Корыхалов не оставит». По поводу Стефана Яворского Феофилакт говорил: «Много претерпел он от Федоса (Яновского), и когда б та змия больше на своем престоле посидела, то б больше скорпий высидела. И новгородский архиерей Феофан, хотя мне и друг, их же, лютеранскую, сторону держит». По поводу речи о дурном воспитании Петра II Феофилакт хвалил старого учителя Зейкина как человека благочестивого: «А ныне имеется учитель. Остерман, да и того Долгорукие, чтоб не часто ему с его величеством видеться, устранили. А хотя б он, Остерман. и всегда был при государе, однако в наставлении благочестия нечего доброго надеяться, потому что он лютеранской веры. Надобно бы его величеству о том советовать, да некому. Я б и рад, да не смею. А св. Синоду согласиться невозможно затем, что преосвященный новгородский и сам лютеранский защитник и с ними ж только знается». С поднятия тревоги по поводу «Камня веры» робкий Феофилакт был в постоянном страхе. «Спать не могу, — говорил он, — во сне пугаюсь и наяву всегда боюсь, боюсь, чтоб кто заочно не обнес императрице, знаю, что императрица милостива, только женское сердце пуще мужского». Страх не был напрасен: в 1735 году его вытребовали в Петербург и начали томить допросами.
Через год с чем-нибудь после приезда Феофилакта в Петербург умер Феофан 8 сентября 1736 года, только 55 лет от роду. Феофан не признавался своим, что «во сне пугался и наяву всегда боялся», но сильные тревоги в борьбе, которая могла кончиться низвержением и заточением, сильное умственное напряжение в отыскании средств к защите и к предупреждению врагов должны были истощить его, тем более что эти треволнения начались и продолжались безостановочно, когда Феофану было уже 45 лет — возраст, в который для продления жизни нужно увеличение спокойствия, а не тревог; притом надобно заметить, что Феофан не отличался умеренностью, любил хорошо пожить и потому так вооружался против «ига неудобоносимого», которому подлежал по своим обетам. Говорят, что, почувствовав приближение смерти, Феофан приставил ко лбу указательный палец и сказал: «О, глава, глава! Разума упившись, куда ся приклонишь?» Слова знаменательные в устах вождя ученой дружины, которая с таким страстным увлечением бросилась упиваться разумом, но вот вождь дружины, «дивный первосвященник», в страшную предсмертную минуту задает себе вопрос: куда приклонится голова, упившаяся разума, достаточно ли этого упивания для человека?
По смерти Феофана объявлен был высочайший указ, «чтобы которые были служителями новгородского архиерейского дома, то оные б не разошлись никуда, а были бы все при том доме, а особливо те ребята, которые в доме его учились, чтоб оные учились по-прежнему и были б содержимы в таковом же довольстве, как и при живом архиерее. А учителю или надзирателю, который к ним приставлен, приказать, чтоб он их обучал и смотрел за ними не леностно». Впоследствии Кабинет представил об этой школе императрице, что Феофан «при жизни своей особливым своим тщанием, собирая сирот, учредил семинарию и содержал оную в весьма добром порядке со многим иждивением своего персонального имения; при кончине же жизни своей во всем оставшемся по нем имении учредил наследниками вышеозначенных из сирот-семинаристов в рассуждении том, что когда из тех семинаристов кто по окончании наук определится куды к делам, дабы оный тем данным ему награждением мог себе озаводиться постройкою двора и завестись домом, чтоб от скудости не оставил своей науки». Кабинет ходатайствовал об исполнении желания покойного Феофана «в рассуждении его верной и ревностной службы, и особливо, что он так добропорядочно из сирот семинарии содержал и немало их обучал в пользу государственную». Императрица согласилась и поручила исполнение дела князю Ал. Мих. Черкасскому,