С другой стороны, характер обвинений против Шумахера был такой, что ему легко было оправдаться. В обвинениях выразилось самым сильным образом долго подавляемое оскорбленное национальное чувство, как оно высказывалось в одах и проповедях, но в одах и проповедях оно высказывалось по поводу падших, осужденных Бирона и Остермана с товарищами; тогда как обвинители Шумахера, высказывая свою вражду, забыли, что имеют дело не с сибирскими и ярославскими заточниками, а с людьми сильными, забыли, что они будут обязаны вести дело юридически, доказывать каждую выходку свою, каждое слово. Шумахер обвинялся в том, что от его злого умышленного непорядка сущее бесславие, поношение, уничтожение и иссякновение наук и вместо пользы вред происходит, что в 18 лет ни одного профессора из русских нет и что отсюда явно Шумахерово на Россию скрежетание. Шумахеру легко было оправдаться, указавши, что он был человек подначальный, исполнял волю президентов, а с другой стороны, дело научное было не в его руках, а в руках профессоров. Таким образом, он защищался именами президентов, тем более что в обвинениях была выходка и против них. Горлицкий писал: «Ежели бы (по проекту Петра В.) директор и два его товарища были российского народа, православные и добросовестные, то бы сии три человека не допустили до таких его злоковарных и вредных отечеству нашему умышлений; к тому же президент вельми ученый и не супостат был бы православию, понеже таковые люди не верны, да и разнствие закона по нужде друг другу противиться понуждает». Шумахер отвечал, что президенты были определены по именным указам, люди искусные и науки знающие, которые и ныне обретаются в службе ее величества: Блюментрост в Москве при медицинских делах, Кейзерлинг при польском дворе, Корф при датском министрами, а Бреверн в Иностранной коллегии тайным советником, и, чтоб из них кто был супостат православия, не знает, и злоковарных и вредных Российскому отечеству умышлений никаких от него, Шумахера, не было. Обвинители доставили также Шумахеру самых ревностных союзников в людях, которые прежде были его врагами, именно в профессорах Академии; последние увидали, что обвинения, направленные на Шумахера, еще более направлены на них, из распоряжений Нартова относительно гимназии увидали ясно, к чему дело идет, и сочли необходимым в собственных интересах поддержать Шумахера против Нартова, жаловались в комиссию, что Нартов пишет к ним в форме указов, чего и прежние президенты никогда не делали, и Шумахер такой власти себе не присваивал. Миллер сам признавался, что все эти движения против Нартова в пользу Шумахера делались по его советам, что он писал все представления и просьбы.
Уже 24 декабря 1742 года следственная комиссия доносила императрице, что она никакого важного преступления Шумахера не видит, а потому не соизволит ли ее величество Шумахера из-под ареста освободить и отдать ему шпагу. По отзывам комиссии, доносители не привели ни одного доказательства и требуют, чтоб их допустили до всех дел академических, о которых не доносят, из чего видно, что они только хотят продолжать время, ибо о чем не имеют доносить, то не для чего таких посторонних дел им и требовать. Гридоровального дела подмастерье Поляков в комиссии при генерале Игнатьеве, Нартове и Делиле кричал и неучтиво говорил, что у него на допрос Шумахеров доказательство готово, только объявлять не будет и судом комиссии недоволен, секретаря Иванова называл вором, потому что по его, Полякова, доношепию по третьему пункту Шумахер не допрашивай о самовольных и непорядочных расходах, за что комиссия велела заключить Полякова в оковы.