К неудовольствию отдельных лиц присоединялось неудовольствие могущественных сословий — духовенства, войска. Резкое, крутое решение вопроса о церковных имуществах возбудило сильное негодование духовенства. Гольц доносил своему государю 25 мая: «Духовенство подало императору представление на русском и латинском языках, где жалуется на насилия и странные поступки с собою вследствие указа об отобрании церковных имуществ; таких поступков духовенство не могло ожидать и от варварского правительства, а теперь принуждено терпеть их от правительства православного, и это тем горестнее, что духовные люди терпят насилие потому только, что они суть служители Божии. Эта бумага, подписанная архиепископами и многими из духовенства, составлена в чрезвычайно сильном тоне, это не просьба, а скорее протест против государя. Донесения, полученные вчера и третьего дня от воевод отдаленных областей, говорят о старании духовенства подустить народ против монарха. В донесениях говорится, что дух мятежа и неудовольствия стал до того всеобщим, что они, воеводы, не знают, какие меры предпринять, а потому требуют наставлений от правительства». Мы знаем, что крестьянские восстания были сильные и не в одних отдаленных областях, но знаем также, что причины их были другие, и потому можем не принимать второй половины Гольцева известия, но первую не принять трудно. Когда Петр был великим князем, то выражал свое нерасположение к русскому духовенству ребяческим образом — высовыванием языка священникам и дьяконам во время богослужения. Но теперь дело пошло сериознее. 26 марта был дан императором такой указ Синоду: «Уже с давнего времени к нашему неудовольствию, а к общему соблазну примечено, что приходящие в Синод на своих властей или епархиальных архиереев челобитчики по долговременной сперва здесь волоките наконец обыкновенно без всякого решения к тем же архиереям отсылаются на рассмотрение, на которых была жалоба, и потому в Синоде или не исполняется существительная оного должность, или же, и того хуже, делается одна только потачка епархиальным начальникам, так что в сем пункте Синод походит больше на опекуна знатного духовенства, нежели на строгого наблюдателя истины и защитника бедных и неповинных. Приложенные при сем челобитные Черниговской епархии священника Бордяковского и диакона Шаршановского суть новое и неоспоримое тому доказательство, ибо, несмотря на данные Синоду еще с 1754 года именные указы о решении их дела, не исполнены потому и доныне, а только отсылаются они на рассмотрение в ту же епархию. Мы видим, какие тому причины могут быть поводом, но оные соблазнительнее еще самого дела. Кажется, что равный равного себе судить опасается, и потому все вообще весьма худое подают о себе мнение. Сего ради повелеваем Синоду чрез сие стараться крайним наблюдением правосудия соблазны истребить и не только по сим двум челобитным немедленное решение здесь сделать, но и всегда по подобным здесь же решить, нашим императорским словом чрез сие объявляя, что малейшее нарушение истины накажется как злейшее государственное преступление, а сей указ не токмо для всенародного известия напечатать, но в Синоде к настольным указам присовокупить». Для наблюдения, чтоб не было неправильностей в ходе дел, в Синоде был обер-прокурор; обер-прокурору нужно было сделать строгое внушение, сменить его, если он не исполнял своих обязанностей, или поддерживать его в борьбе с членами коллегии, когда он ратовал против «нарушения истины», в оскорбительных же указах не было никакой нужды.