После вторжения Вильнюс был передан Литве, которая считала город своей исторической столицей. Однако вскоре положение дел снова изменилось: в 1940 году Красная армия атаковала Литву. Несколько жестоких рейдов помогли советскому правительству усмирить врагов — реальных и воображаемых. Между 1939 и 1941 годами советские власти депортировали на восток сотни тысяч поляков и литовцев, десятки тысяч из которых были евреями.
Тяжелее всего пришлось еврейским работникам и владельцам фабрик. Их собственность национализировалась, а сами они подвергались депортации. Большинством частных предприятий и фабрик в Вильнюсе владели евреи. Новый режим также ограничил свободу еврейской культуры в Вильнюсе. Образование на иврите было запрещено, а вместе с ним запретили деятельность религиозных институтов и организаций. Были закрыты все идишские газеты, за исключением
Был издан приказ об аресте идишского исследователя Залмана Рейзена, который был редактором институтского журнала
Основатель и директор института Макс Вайнрайх сумел избежать подобной участи, потому что начало войны в 1939 году застало его в пути на конференцию в Копенгаген. Вайнрайх немедленно покинул Европу, чтобы основать новую штаб-квартиру ИБО в Нью-Йорке. К тому времени нью-йоркский филиал института остался единственным: берлинский филиал был закрыт, когда нацисты пришли к власти, а филиал в Варшаве перестал функционировать в 1939 году, когда город пал под натиском войск вер-махта.
Может, при советской власти Исследовательский институт идиша в Вильнюсе и был национализирован и лишен своего имущества, однако впереди его ждала гораздо более печальная судьба. Подобная участь уже постигла те регионы Польши, которые оказались оккупированы нацистами.
Грабежи в польских библиотеках и собраниях начались всего через несколько недель после капитуляции страны в 1939 году. Но на этот раз расхищением руководил не ЭРР, поскольку его основали лишь летом 1940 года.
Операцией командовало особое подразделение — так называемая зондеркоманда Паульсена, которую возглавил офицер СС, профессор археологии Петер Паульсен. Задача Паульсена заключалась в первую очередь в том, чтобы вернуть на родину «германские» культурные сокровища, например алтарь Вита Ство-ша, который находился в церкви Успения Пресвятой Девы Марии в Кракове.
Представители зондеркоманды обыскали семинарию Пельплина, где должна была находиться Библия Гутенберга, однако к этому времени отец Антоний Лидке уже успел контрабандой вывезти ее из страны. Когда эсэсовцы поняли, что Библия ускользнула у них из рук, они в качестве мести сожгли часть пельплин-ской библиотеки в печах соседней сахарной фабрики. Оставшиеся книги перевезли в старую церковь в Познани, где устроили книжный склад. В конце концов в этой церкви скопилось более миллиона украденных польских книг.
Вскоре зондеркоманда Паульсена сосредоточила внимание на еврейских и польских организациях, музеях, библиотеках и синагогах. Польшу грабили совершенно не так, как оккупированные территории Западной и Южной Европы. Если там кражи были выборочными, а их жертвами становились только евреи и идеологические враги нацизма, то в Польше грабежи затронули все население. Причина заключалась в том, что на Западном и Восточном фронтах применялись разные военные тактики. Датчане, норвежцы, голландцы, бельгийцы, французы и британцы были арийцами, а следовательно, братскими народами будущей национал-социалистической Европы. Нацисты считали себя освободителями, которые спасают эти страны от пагубного влияния мирового еврейства. Режим бросал значительные ресурсы на пропаганду в попытке завоевать симпатии «братского населения» Запада и обосновать тем самым свою идеологическую цель.
Война на востоке, однако, велась по другим принципам. Врагами были не только миллионы евреев, проживавших в Восточной Европе, но и все славяне. Германия планировала расширение именно на восток. В связи с этим в будущем Европы не было места ни для Польши, ни для поляков. Грабежи были прямым следствием этой политики — посредством грабежей планировалось лишить поляков всех форм высокой культуры, знания, образования и литературы. Польский народ должен был в интеллектуальном отношении превратиться в недолюдей.