Министерству иностранных дел Иоахима фон Риббентропа, однако их возглавлял оберштурмбанфюрер СС, историк барон Эберхард фон Кюнсберг.
Три отряда шли в авангарде, а более тщательные грабежи осуществлялись позднее. Зондеркоманда Кюнсберга совершала налеты на особенно важные цели. Как и в случае с упоминавшейся ранее зондерко-мандой Паульсена в Польше, основное внимание было сосредоточено на артефактах, которые считались «германскими». Среди них была знаменитая Янтарная комната работы Андреаса Шлютера, которая находилась в Екатерининском дворце неподалеку от Ленинграда. Но из дворца также были вынесены десятки тысяч книг, которые отправили в Германию в ящиках с надписью: «Царская библиотека, Гатчина». Некоторые трофеи Кюнсберга впоследствии были переданы ЭРР, включая книги из императорского дворца и большое количество конфискованной еврейской литературы.
ЭРР применял более академический подход, основанный на инспекции институтов, библиотек, архивов и музеев. Его грабежи были методичными, тщательными и выборочными. Летом и осенью 1941 года в Советский Союз были отправлены эксперты, которые провели первоначальную оценку и составили списки ценных коллекций. Среди этих экспертов был и архивист Готлиб Ней, балтийский немец по происхождению, который целый год изучал библиотеки на оккупированных советских территориях. Ней работал в библиотеке Высшей школы НСДАП, а после войны переехал в Швецию, где трудился в архивах Лунда.
ЭРР сформировал три главные рабочие группы: «Остланд» (для Прибалтики), «Центр» (для Белоруссии и запада России) и «Украина». В Риге, Минске и Киеве были основаны штабы для руководства грабительской операцией на соответствующих территориях, где находились также и еврейские поселения, в которых до сих пор проживало большинство евреев Востока.
В известной мере Розенберг был прав, когда сказал, что на Востоке была «одна» Коммунистическая партия. Советский режим действительно открыл дорогу нацистским грабителям, поскольку большая часть коллекций уже была конфискована и национализирована, а масонские ложи и подобные организации находились под запретом. Трофеи в основном либо продали на Запад, либо передали государственным институтам. В связи с этим нацисты нацеливались в первую очередь на государственные организации, которые располагали богатейшими коллекциями.
За краткий период советского правления процесс национализации был запущен и в Прибалтике, и в Восточной Польше: ИВО был лишь одной из многих национализированных организаций. Однако национализация в основном затронула общественные организации, институты и религиозные группы, в то время как до экспроприации частной собственности дело еще не дошло.
Грабительская операция ЭРР в Советском Союзе была амбициозной и масштабной. Согласно одному из отчетов ЭРР, обыску подверглись 2265 организаций. Эта работа требовала тесной кооперации с вермахтом и СД, а также с архивистами, библиотекарями и экспертами из других немецких организаций.
К примеру, в главной рабочей группе «Украина» трудилось 150 экспертов, которые организовывали расхищение сотен библиотек, общественных коллекций, университетов, церквей, дворцов и синагог. Особенно сильно досталось религиозным институтам Советского Союза, которые и так притеснялись большевиками. Тысячи священников были убиты или сосланы в сибирские трудовые лагеря стараниями советской власти. По оценкам, нацистские организации разграбили 1670 русских православных церквей, 532 синагоги и 237 католических церквей.
Помимо еврейских коллекций, особенный интерес для них представляли архивы и библиотеки коммунистической партии. РСХА забирало все материалы, которые имели значимость для разведки, а многое другое передавалось в организованную Альфредом Розенбергом Восточную библиотеку, куда вошли и эмигрантские библиотеки Парижа. Кроме того, на часть добычи из Советского Союза претендовали также другие немецкие исследовательские институты, занимавшиеся изучением Востока, включая Институт Ванзее и Институт Восточной Европы в Бреслау.
Несколько сотен библиотек было разграблено в Минске, причем из одной только Ленинской библиотеки вывезли семнадцать вагонов книг. В Киеве украли так называемый революционный архив — гигантскую коллекцию документов по истории русской революции. В этом архиве также хранились документы Украинской Народной Республики, которой руководил Симон Петлюра. ЭРР также удалось целиком захватить архив коммунистической партии Смоленской области — все полторы тысячи полок.