Со временем члены «бумажной бригады» осмелели и стали уносить большее количество материалов. В конце концов они и вовсе пошли на крайние меры и стали прятать книги в самом здании ИБО. С весны 1943-го по сентябрь 1944 года «бумажная бригада» сумела спасти тысячи книг и рукописей. Однако в конечном счете спасенные ими материалы были лишь каплей в море из сотен тысяч книг и рукописей, отправленных либо в Германию, либо на бумажную фабрику.
В конце лета 1943 года члены «бумажной бригады» поняли, что их работа приближается к концу. Новые библиотеки на сортировку уже не привозили, ЭРР сворачивал свою деятельность.
Одна из последних записей в дневнике Калманови-ча датирована концом августа: «Всю неделю я отбирал книги, тысячи книг, и собственноручно бросал их в кучу мусора. В кучу книг в читальном зале ИБО, на кладбище книг, в братскую могилу, где уже лежали книги, которые война поразила, прямо как Гога и Ма-гога, прямо как их владельцев… Все, что мы сумеем спасти, с божьей помощью выживет! Мы увидим их снова, когда вернемся сюда настоящими людьми».
Сворачивалась не только работа ЭРР, но и вся немецкая восточная кампания. После поражения под Сталинградом зимой 1943 года немецкая армия отступала. Это означало, что немецкое военное производство на Востоке вставало, а миллионы подневольных рабочих становились невостребованными. Многих отправляли прямиком в газовые камеры.
Вспыхнувшее весной 1943 года еврейское восстание в Варшаве тоже заставило Генриха Гиммлера нервничать. Он вполне обоснованно подозревал, что евреи в других гетто планировали вооруженное сопротивление. Через несколько недель после бунта Гиммлер отдал приказ о ликвидации всех гетто Остланда (то есть Прибалтики). Вильнюсское гетто, которое немецкая разведка считала потенциальным очагом сопротивления, должно было быть разрушено как можно скорее.
В первых числах августа 1943 года началась депортация вильнюсских евреев. За два месяца гетто опустело. Всех евреев трудоспособного возраста отправили в трудовые лагеря, чтобы там они работали, например копали окопы. Стариков, детей и больных убили сразу.
Однако до ликвидации гетто 180 членов Объединенной партизанской организации сумели сбежать и спрятаться в лесах неподалеку от Вильнюса. Среди них оказался и Авром Суцкевер, который бежал 12 сентября вместе с женой и еще одним поэтом из группы «Юнг Вильнэ», Шмерке Качергинским. К этому моменту Суцкевер уже потерял мать и новорожденного сына, которого нацисты отравили в больнице гетто.
Весть о побеге Аврома Суцкевера вскоре достигла Москвы. В начале 1944 года самый уважаемый писатель и журналист Советского Союза Илья Эренбург помог Суцкеверу с женой перебраться в Москву. Легкомоторный советский самолет пересек линию фронта и приземлился на замерзшем озере среди лесов в окрестностях Вильнюса. Под обстрелом немцев самолет сумел перелететь обратно на советскую сторону. В опубликованной в газете «Правда» статье Эренбур. га о Суцкевере впервые было упомянуто массовое убийство евреев на территории Советского Союза.
Однако большинство евреев из гетто и членов «бумажной бригады» сбежать не сумело. Отряды СС возобновили массовые казни в Понарах. Среди казненных в конце этого периода был и пятнадцатилетний автор дневника Ицхак Рудашевский. В то же время эсэсовцы запустили масштабную кампанию по сокрытию массовых убийств. Осенью 1943 года узникам расположенного неподалеку концлагеря Штутгоф пришлось выкапывать десятки тысяч разлагающихся тел из братских могил в Понарах. Трупы сжигались на огромных кострах, после чего пепел смешивали с песком и закапывали в землю. Невольникам потребовалось несколько месяцев, чтобы сжечь останки 100
Идейный вдохновитель ИВО Семен Дубнов был убит еще в 1941 году. Когда началась война, Дубнову было восемьдесят лет. В 1930-х годах он поселился в Риге и приступил к своим мемуарам. Его друзья, которые чувствовали надвигающуюся опасность, в 1940 году помогли Дубнову получить шведскую визу, но он решил ее не использовать. Когда в 1941 году нацисты оккупировали Ригу, Дубнова выставили из собственной квартиры. Его огромную библиотеку конфисковали. Вместе с остальными евреями города его заперли в гетто. В начале 1941 года эсэсовцы заставили 24 ооо евреев покинуть гетто и уйти в Румбульскии лес на окраине Риги. Там советские военнопленные выкопали шесть глубоких рвов, где и казнили евреев. Семен Дубнов был слишком слаб, чтобы пешком пройти несколько километров до леса, а потому гестаповец застрелил его прямо на улице. Согласно свидетельству очевидцев, Дубнов до последнего призывал обитателей гетто: «Евреи, пишите и записывайте!»