Однако у самого Федора Ивановича наследников не было, и после его кончины вокруг Дмитрия начали собираться новые силы несогласных с властью новоизбранного царя Бориса Годунова. Но в 1591 году (Дмитрию восемь лет) мальчик погибает при странных обстоятельствах. Расследование показало, что то был несчастный случай, и Марию с пометкой «За недосмотрение за сыном…» постригли в монахини и отправили в монастырь под именем Марфа.
Позже, в 1605 году, когда в стране будут разруха и смута, из Польши в Москву прибудет человек, именующий себя царевичем Дмитрием, чудом выжившим и увезенным в Польшу. Мария сначала признает в нем сына, а позже откажется от своих слов. Так начнется череда Лжедмитриев и иных претендентов на русский трон. Но это уже совсем другая история.