…После изгнания из храма отец Лаврентий поселился на Лесковице, под Троицкой горой, у одной из своих многочисленных духовных чад, где занимал маленькую комнатку. Духовных чад принимал только по ночам, тайно. По его благословению в Холодном яру (ул. О. Десняка на Лесковице), во дворе благочестивой прихожанки тайно же была вырыта небольшая тесная пещера, где о. Лаврентий по ночам совершал Божественную литургию. Вход в пещеру шел через коридор дома в кладовую, а из кладовой через погреб прямо в храм. Здесь же, во дворе, жило несколько тайных монахинь; они следили за порядком в катакомбном храме, а в отсутствие о. Лаврентия сами вычитывали службу мирским чином.
Еще перед Великой Отечественной войной отец Лаврентий говорил: «За то, что все делается не по закону, да в праздники, то все сотрется и сгорит. А потом откроются монастыри, и люди будут каяться и молиться, и Господь по Своей милости даст немного времени…»
В 1941 г. немецкое оккупационное командование в пропагандистских целях дало разрешение на возобновление православных монастырей и храмов. Очевидцы рассказывают, что храмы тогда были полным полны народу: люди с радостью шли на молитву ко Христу. Архимандрит Лаврентий, собрав своих монашествующих чад, устроил в Свято-Троицком монастыре женскую обитель, а позже еще и Домницкую.
В сентябре 1943 г. Чернигов был освобожден Красной армией. Долгожданный приход советских войск вместе с радостью освобождения принес и новые скорби, страдания, репрессии священства.
В убеждении православной веры о. Лаврентий стоял твердо, поступая в жизни своей по слову апостола: «Еретика, после второго и третьего вразумления, отвращайся» (Тит. 3, 10). Всегда благодушный, смиренный, снисходительный к немощам человеческим, в этом он проявлял удивительную твердость. И часто говорил со своими чадами о последних временах: как нужно быть бдительным. Он знал и всегда напоминал о том, что наше время — последнее, время апостасии, т. е. всеобщего и полного отступления от Христа и Церкви Его.
Осенью 1949 г. о. Лаврентий сильно занемог. Так как он уже не в силах был самостоятельно ходить на службу, к храму его подвозили на лошади. Последнюю литургию он посетил в день памяти святителя Николая, после чего окончательно слег и больше не поднимался.
Скончался батюшка на Крещение 1950 г., 6 января ст. ст. в возрасте 82 лет. Только перед самой смертью открылось, что о. Лаврентий еще в 1923 г. был тайно пострижен в схиму лаврским схиигуменом Гавриилом. Батюшка никогда и никому об этом не рассказывал, одеяния схимника не носил и всегда ходил в простеньком монашеском подрясничке и клобуке.
Отец Лаврентий не хотел, чтобы его хоронили в соборе, хотел — на православном кладбище, дабы, как он говорил, когда настанет Страшный суд, «встречать Судию со всеми вместе». Эта воля батюшки, как и многое другое, не была исполнена.
Пять дней гроб с телом усопшего стоял посредине храма на возвышенном месте. По вечерам служились парастасы, а по утрам — заупокойные литургии и торжественные панихиды, при многочисленном стечении народа. Ярко горели свечи вокруг гроба, который батюшка приготовил себе еще при жизни.
После отпевания гроб был перенесен в храм-усыпальницу. Двадцать дней простоял открытым и еще двадцать был закрыт крышкой. Ежедневно служились панихиды, и всегда было очень много народу. 20 февраля 1950 г. гроб был торжественно опущен в специально вымурованную гробницу в усыпальнице Свято-Троицкого собора Чернигова и заложен большой бетонной плитой.
Ныне чудотворные мощи преподобного Лаврентия Черниговского пребывают в Свято-Троицком соборе, слева от алтаря. Возле них по средам и субботам в семь утра читается акафист.
9/22 августа 1993 г. Архиерейским собором Украинской православной церкви Московского Патриархата схиархимандрит Лаврентий Черниговский был причислен к лику святых в чине преподобного.
2—3 февраля 2016 г. Русская православная церковь прославила давно уже всенародно чтимого святого как общецерковного.
Тропарь, глас 4, гласит: «От юности Христа возлюбил еси, и Тому тесным путем последуя, сосуд избран Духа Святаго быв, дар чудотворения и прозрения восприим: сего радив невечернем свете Пресвятыя Троицы присно радуяся, поминай чад твоих, Лаврентиепреподобне, отче наш».
В завершение приведем четыре духовных свидетельства преп. Лаврентия Черниговского.
— Незадолго до воцарения антихриста и закрытые храмы будут ремонтировать, оборудовать не только снаружи, но и внутри. Будут золотить купола как храмов, так и колоколен, а когда закончат главный, то наступит время воцарения антихриста. Молитесь, чтобы Господь продлил нам это время для укрепления: страшное ожидает нас время. Ремонты храмов будут продолжаться до самого коронования антихриста, и у нас благолепие будет небывалое, — говорил старец Лаврентий Черниговский.