КПГ была на подъеме, когда в августе 1936 года генерал И. Метаксас взял власть в свои руки, установив в Греции фашистский режим. Почти все активисты партии были либо арестованы, либо сосланы, тысячи коммунистов были принуждены подписать «заявления о раскаянии», где они отрекались от коммунистических идеалов, обязательно указывая, что отныне плюют на все идеи Маркса и Ленина. В сентябре 1936 года службой безопасности был арестован Н. Захариадис и брошен в тюрьму на острове Керкира. В заключении «Неистовый Никос» остался верен своим убеждениям. Все попытки министра безопасности Греции К. Маньядакиса склонить его к отречению от коммунистических идеалов окончились провалом.
После нападения фашистской Италии на Грецию осенью 1940 года, Захариадис из тюрьмы обратился с открытым письмом к членам партии. В нем он призвал коммунистов «встать в ряды защитников родины, превратив каждую скалу, каждый дом в крепость национально-освободительной борьбы»
В апреле 1941 года германская армия, сломив сопротивление греко-английских войск, оккупировала страну. Захариадис попал в руки гитлеровцев. Вначале его отправили в венскую тюрьму, а затем перевели в концлагерь Дахау. Когда Никоса увозили в Вену, взглянуть на именитого узника пожелал специальный уполномоченный третьего рейха по Греции Альтенбург.
Заключение в Дахау оказалось для Захариадиса, человека деятельного и кипучего, трудным испытанием. Он тяжело переживал свое вынужденное бездействие. Тем более что в отличие от других заключенных, Захариадис благодаря знанию немецкого языка, использовался лагерной администрацией в качестве переводчика, а потому имел определенную свободу передвижения вне лагеря. Летом 1944 года Захариадис сумел переправить из плена записку в КПГ, в которой ставил вопрос об организации его побега из лагеря. По свидетельству видного члена партии Я. Иоаннидиса, о неожиданной просьбе Генсека было доложено главе советской военной делегации полковнику Попову, находившемуся в это время в штабе ЭЛАС. Однако Попов ушел от прямого ответа о содействии советской стороны в побеге. «Мы позаботимся», — уклончиво ответил полковник. Тем не менее, побег Захариадиса не состоялся. Долгожданная свобода пришла к нему в виде американских войск, освободивших узников Дахау весной 1945 года.
Вернувшись в Грецию Никос Захариадис нашел, что дела в КПГ за время его отсутствия пришли в удручающее состояние. Атмосфера в руководящих партийных органах и среди многих членов партии, как позже вспоминал сам Генсек, характеризовалась духом «полной самоудовлетворенности», а Варкизский договор рассматривался как крупное достижение. Однако, не желая накалять партийную обстановку, Захариадис переговорил о замеченном непорядке с рядом проверенных, старых соратников. В разговоре с ними Генсека прямо-таки трясло от ярости, и он ругал последними словами членов Политбюро Г. Сяндоса, Н. Плумбидиса, X. Хадживасилиу и многих других, обвиняя их в позерстве, чванстве, бестолковщине, трусости и даже ренегатстве.
Кроме того, группировкой непримиримого А. Велухиотиса возвращение Н. Захариадиса было воспринято с надеждой на радикализацию политической линии партии.
Еще во время работы XI пленума партии, Велухиотис обратился в Политбюро с предложением о создании Фронта национальной независимости и боевых Групп национальной независимости (МЕА). «Первостепенное значение имеет национальная борьба, независимость страны. Чтобы убрались иностранцы и, чтобы народу была предоставлена возможность, решать и определять форму государственного устройства. В соответствии с этой линией призываем народ в общий Фронт национальной независимости», — писал яростный революционер в своей записке в Политбюро
Предложение А. Велухиотиса сильно озадачило и даже напугало членов Политбюро. Делегация компартии во главе с Н. Плумбидисом встретилась с Велухиотисом, одним из основателей ЭЛАС и предложила в обмен на отказ от дальнейшей вооруженной борьбы, организовать для него и бойцов группы МЕА переход в Албанию или Югославию. Велухиотис обещал подумать над предложением, поняв, что руководство КПГ против его предложения о создании Фронта национальной независимости и будет всячески препятствовать деятельности боевой группы. Теперь же, зная о решительном характере вернувшегося Генсека, Арис Велухиотис воспринял духом, надеясь встретить поддержку своих радикальных идей со стороны Н. Захариадиса.
Однако вернувшийся Генсек не спешил с принятием волевых решений. Долгое нахождение Захариадиса вне партии и страны, требовало хотя бы непродолжительного времени для более детального ознакомления с ситуацией как в КПГ, так и в Греции.