14 апреля правительство Цалдариса сместило все руководство вооруженными силами. В отставку были отправлены 28 генералов, в том числе и начальник Генерального штаба. Вакантные места заняли руководители монархической офицерской организации «САН». Сами вооруженные силы в составе «Горной бригады» и «Священной роты» были реорганизованы в регулярную армию. Кроме того, правительством был создан Высший совет обороны, наделенный неограниченными правами. На заседаниях совета, наряду с премьером Цалдарисом и начальником английской военной миссии в Греции, должны были участвовать английские представители при штабах греческих вооруженных сил и глава английской экономической миссии. Одним из первых изданий Высшего совета обороны стал указ о тщательной фильтрации личного состава при укомплектовании воинских частей.
Одновременно правительством Цалдариса разрабатывалась чрезвычайное законодательство, направленное «против посягающих на государственный порядок и целостность страны»
После мартовского захвата Литохоро военные действия между партизанами и правительственными силами носили спорадический характер, в основном сводясь к мелким стычкам. Однако летом 1946 года ситуация резко обострилась. В Западной и Центральной Эгейской Македонии к вооруженной борьбе перешел Национально-освободительный фронт (НОФ) славяномакедонцев. 3 июля партизаны НОФ атаковали и разгромили жандармский участок близ Идомени, после чего беспрепятственно ушли в Югославию. С этого момента партизанские рейды славяно-македонских отрядов и захваты ими населенных пунктов стали происходить регулярно. Вскоре вооруженные формирования НОФ взяли под свой контроль практически всю Эгейскую Македонию.
Первоначально решительные действия НОФ встретили горячую поддержку и одобрение со стороны КПГ и лично Генерального секретаря партии Н. Захариадиса. Однако греческим населением страны успехи славяно-македонских партизан были восприняты не столь однозначно. Всплыла на поверхность проблема межнациональных отношений, имевшая под собой старую подоплеку. Начались разговоры о том, что действия НОФ якобы нацелены на раскол страны, отторжения от Греции Эгейской Македонии. Захариадис был в бешенстве, но сложившаяся ситуация вынудила руководство КПГ публично отмежеваться от поддержки НОФ.
Это вынужденное заявление дорого обошлось коммунистам. «Сохранив верность идеологическим принципам, КПГ потеряла в военном отношении: боевые возможности греческих коммунистов оказались значительно ограниченными», — читаем в исследовании об истории локальных войн и конфликтов
К этому времени на значительной территории Греции схватки между отрядами греческих партизан и правительственными войсками приняли массовый характер. Особенно ожесточенные бои происходили в Северной Фракии и Македонии. Так, например, 6—7 июля 1946 года в районе села Понтокерасия в Македонии партизаны разгромили роту противника, причем 20 солдат добровольно перешли на сторону партизан.
К началу активизации боевых действий силы КПГ насчитывали порядка 4 тыс. бойцов, разбросанных по всей территории страны. Однако партизаны имели значительные мобилизационные ресурсы, за счет своих сторонников из местного населения. Кроме того, по мере развития событий греческие коммунисты получили возможность создать в соседних балканских странах лагеря, где могли совершенствовать боевую подготовку и готовить офицерские кадры. Основной лагерь партизан находился в Булкесе на территории Югославии. Среди инструкторов лагеря находились военные из СССР, а для оперативной связи командования партизан с Москвой были прикомандированы советские радисты. На Югославию также легло основное бремя поставок оружия и боеприпасов греческим партизанам